跨物种感染是指病原获得感染新物种宿主能力，进而感染新宿主、在新宿主个体间传播的现象，关于此现象的研究以病毒为主，但细菌等其他微生物也可能发生。跨物种感染的第一步为病原与一个新宿主物种个体接触，其后病原可能逐渐适应新的宿主而造成疾病爆发，是新兴传染病的起因之一。多数感染人类的病毒均起源于感染其他动物的病毒，包括SARS-CoV、MERS-CoV、SARS-CoV-2、猪流感、禽流感病毒与埃博拉病毒等。
病原溢出是指病原获得感染新宿主的能力，从原本宿主跨越到另一种宿主的现象
。感染人类的病毒有超过三分之二为人畜共通传染病，即由其他动物溢出至人类。大多数人类病毒最早都可能是由其他动物溢出而来。多数病毒溢出事件为有限的偶发感染，不会发生进一步人传人的感染，如狂犬病毒经动物咬伤的伤口感染人类，不过有些病毒溢出则会在人群中扩散，造成新兴传染病，如埃博拉病毒、SARS-CoV、MERS-CoV与SARS-CoV-2等。其他生物间也常有病原溢出事件发生，感染野生动物的病原可能溢出至家禽与家畜，如鸭冠状病毒2714自野生水鸟溢出至家鸡、布鲁氏菌病自非洲水牛溢出至畜养的牛只、猪急性腹泻综合征冠状病毒自蝙蝠溢出至猪只等，也有感染野生杂草的病原溢出至农作物的例子。
新兴病毒泛指新出现且短期内可能快速散播的病毒，为造成新兴传染病的主要原因，可能造成地方或全球的疾病爆发而导致公共卫生危机，并严重影响经济，例如2002年至2004年SARS-CoV造成的SARS事件以及2019年至今SARS-CoV-2造成的2019冠状病毒病疫情，此外还有中东呼吸综合症冠状病毒、人类免疫缺乏病毒、埃博拉病毒、H5N1病毒、甲型流感病毒H1N1亚型等。新兴病毒的由来通常是感染其他动物的病毒跨物种感染人类，造成人畜共通传染病，因其以其他动物为自然宿主，通常难以完全根除，而会长期流传于人群中。
LYRa11病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，于2011年在中国云南保山中菊头蝠的样本中被发现。此病毒株的基因组长29805核碱基，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为91%，于2014年发表。LYRa11病毒和SARS-CoV、SARS-CoV-2一样使用ACE2为感染细胞的受体
Rs672病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，于2006年在中国贵州的中华菊头蝠粪便样本中被发现，其基因组已被完整定序，长29059核碱基，与造成SARS事件的SARS-CoV基因组序列相似度为93.4%，在SARSr-CoV中属于SARS-CoV相关病毒，于2010年发表。
WIV1病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为95%，与在同一批样本中发现且同时发表的Rs3367序列几乎完全相同。此病毒株在中国云南的中华菊头蝠中发现，于2013年发表，是第一个被成功分离的蝙蝠SARSr-CoV，也是第一个被证实与SARS-CoV一样可使用血管紧张素转化酶2为受体感染细胞的蝙蝠SARSr-CoV病毒株。
果子狸属是食肉目灵猫科棕榈狸亚科的一个单型属，于1831年由英国动物学家约翰·爱德华·格雷发表描述，其下仅包含果子狸一种，果子狸又名花面狸、、果子，分布于喜马拉雅山脉、中国华南与东南亚等地，族群数量较多，被IUCN列为无危物种。2003年，广东市场中贩卖的果子狸被检测出果子狸SARS病毒，与SARS-CoV的序列高度相似，可能是造成SARS事件之病毒的直接来源，但不是其自然宿主。
果子狸属是食肉目灵猫科棕榈狸亚科的一个单型属，于1831年由英国动物学家约翰·爱德华·格雷发表描述，其下仅包含果子狸一种，果子狸又名花面狸、、果子，分布于喜马拉雅山脉、中国华南与东南亚等地，族群数量较多，被IUCN列为无危物种。2003年，广东市场中贩卖的果子狸被检测出果子狸SARS病毒，与SARS-CoV的序列高度相似，可能是造成SARS事件之病毒的直接来源，但不是其自然宿主。
WIV16病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为96%，同使用ACE2为受体感染细胞，是迄今发现和SARS-CoV序列相似度最高的蝙蝠病毒，于2016年发表。
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