丘仲孚年少好学，从祖父丘灵鞠认为他是人才，经常称他为千里马。南齐永明初年他获选为国子生，察举高第，但未获任官就回到家乡。他家中贫穷，无法自给自足，就聚集盗贼，为他们计划劫掠三吴。丘仲孚聪明有谋略，盗贼们都畏惧服从他之。太守徐嗣征召他补任主簿，历官扬州从事、太学博士、湖县令，有能力名声。当地太守吕文显当时获得君主宠信，欺侮诋毁属下县份，只有他不屈服，因父丧辞官。齐明帝继位，丘仲孚得起用为烈武将军、曲阿县县令，其时会稽太守王敬则举兵造反，趁朝廷没有防备，令造反的事刚传到朝廷，王敬则的前锋已到达曲阿。丘仲孚对地方吏民说：“贼军虽然精锐地乘胜追击，但他们其实是乌合之众，容易离散。现在若果收起船舰，凿开长岗埭，让洪水阻挡他们的路径，留下数天，官军一定来到，则大事会成功了。”王敬则军队来到，正值河流干涸，果然停留不能前进，最终败亡。朝廷以丘仲孚拒守有功，迁职山阴县令，任内得到赞许，百姓为他作下歌谣：“二傅沈刘，不如一丘。”说明之前傅琰、傅翙父子、沈宪、刘玄明相继担任山阴县令，都有政绩，但丘仲孚政绩超过他们。
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孔总，会稽山阴人，孔子三十代孙，孔祐之孙，孔道徽哥哥的儿子，孔总有操守，遇到饥寒甚至没有衣服和饮食，县令丘仲孚举荐他出仕，孔总因此被任命为竟陵王侍郎，但孔总竟然不赴任。
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