RmYN02病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，于2019年在中国云南马来亚菊头蝠的粪便样本中发现，并于次年发表。此病毒与造成2019冠状病毒病疫情的严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型亲缘关系接近，两者全基因组的核酸序列相似度为93.3%，是已知与SARS-CoV-2相似度次高的病毒，仅次于RaTG13病毒的96.2%。
LYRa11病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，于2011年在中国云南保山中菊头蝠的样本中被发现。此病毒株的基因组长29805核碱基，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为91%，于2014年发表。LYRa11病毒和SARS-CoV、SARS-CoV-2一样使用ACE2为感染细胞的受体
RaTG13病毒，是乙型冠状病毒属一种感染蝙蝠的病毒，属于严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒，于2013年在中国云南墨江通关镇矿坑中中菊头蝠的粪便样本中被发现，最早发表于2016年，原称RaBtCoV/4991病毒。截至2020年 ，此病毒是已知与造成2019冠状病毒病疫情的严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型亲缘关系最接近的病毒，两者全基因组的核酸序列有96.2%相同。
果子狸SARS冠状病毒是感染果子狸的严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒，与感染人类、造成2002年至2003年SARS事件的严重急性呼吸道综合征冠状病毒高度相似，基因组序列相似度约99.8%。由于疫情初期染病的几名病人都曾在市场中与果子狸接触，果子狸可能是人类SARS冠状病毒的直接来源；2003年底中国广州市又有四人染疫，经序列分析发现与果子狸的病毒相似度达99.9%，亦为SARS冠状病毒由果子狸传染给人的案例。
穿山甲冠状病毒为感染穿山甲的冠状病毒，属严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒，包含许多不同病毒株，最早于2019年在广州被查获走私的马来穿山甲身上发现。2019冠状病毒病疫情爆发后，广东与广西截获的走私穿山甲身上再次发现了冠状病毒，这些病毒株基因组序列皆与造成疫情的SARS-CoV-2相似，且在与宿主受体结合的受体结合结构域相似度特别高，是已知病毒中与其RBD相似度最高者，不过穿山甲冠状病毒在SARS-CoV-2演化中扮演的角色仍有待进一步厘清。截至2021年 ，穿山甲是除蝙蝠外，唯一被发现带有SARS-CoV-2相关病毒的动物。
WIV1病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为95%，与在同一批样本中发现且同时发表的Rs3367序列几乎完全相同。此病毒株在中国云南的中华菊头蝠中发现，于2013年发表，是第一个被成功分离的蝙蝠SARSr-CoV，也是第一个被证实与SARS-CoV一样可使用血管紧张素转化酶2为受体感染细胞的蝙蝠SARSr-CoV病毒株。
Rs672病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，于2006年在中国贵州的中华菊头蝠粪便样本中被发现，其基因组已被完整定序，长29059核碱基，与造成SARS事件的SARS-CoV基因组序列相似度为93.4%，在SARSr-CoV中属于SARS-CoV相关病毒，于2010年发表。
WIV16病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，与造成SARS事件的SARS-CoV全基因组序列相似度为96%，同使用ACE2为受体感染细胞，是迄今发现和SARS-CoV序列相似度最高的蝙蝠病毒，于2016年发表。
BtKY72病毒是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的一个病毒株，在肯亚菊头蝠属蝙蝠的粪便样本中发现，其基因组已被完整定序，于2019年发表。
ZC45病毒与ZXC21病毒，被部分媒体称为舟山蝙蝠病毒，皆为严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒的病毒株，在中国浙江舟山的小菊头蝠样本中发现，于2018年发表。这两个病毒株属于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2的演化支，全基因组核酸序列与SARS-CoV-2的相似度约为88%，与严重急性呼吸道综合征冠状病毒的相似度则约为81%。
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