保守序列 编辑
保守序列在生物学中是指在核酸序列、蛋白质序列、蛋白质结构多糖序列内相似或相同的序列,这种情况可以发生在各物种间或由相同生物产生的不同分子间。对于物种间保守的情况,这意味着尽管物种形成一些特定的序列仍在进化过程中被保留了下来。也就是说系统树越向上推,特定序列越保守。因为序列信息在通常情况下通过基因自双亲传向子代,那么一条保守序列即意味着存在着一条保守基因。
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切割和聚腺苷酸特异性因子简称CPSF参与基因转录过程中从新合成而尚未成熟的前信使核糖核酸分子裂解3'端信号区域。它是第一个与mRNA前体裂解位点附近的信号区域结合的蛋白质,多腺苷酸化将通过多核苷酸腺苷酸转移酶添加到该蛋白质上。在上游信号区中具有规范的核苷酸序列AAUAAA,其在绝大多数mRNA前体中保守序列。位于聚腺苷酸化之前被切割的mRNA前体部分上的第二个下游信号区域,由富含GU的区域所组成。
KASH结构域是一种保守序列C-末端蛋白结构域,名称来自:Klarsicht,ANC-1,Syne Homology 的首字母缩写,长度不到30个氨基酸残基,大部分含有此结构域的蛋白与核膜定位有关,可与含有SUN结构域的蛋白质相互作用。
MALAT1相关胞浆小RNA是一种在细胞质中发现的非编码核糖核酸,长约53–61核苷酸,由MALAT1的方向性经核糖核酸酶P酶切割后,再由核糖核酸酶Z切割,最后由CCA tRNA核苷酸转移酶在3′端加上CCA三个碱基后产生。此RNA在人体许多组织中都有表现,在演化上保守序列,结构与TRNA类似,但不会被氨酰tRNA。
β-肌动蛋白,人体内由ACTB基因编码,是肌动蛋白的六种蛋白异构体之一。β-肌动蛋白是一种保守序列的蛋白,与细胞的结构维持、移动,以及与所处环境之间的整合高度相关。
β-肌动蛋白,人体内由ACTB基因编码,是肌动蛋白的六种蛋白异构体之一。β-肌动蛋白是一种保守序列的蛋白,与细胞的结构维持、移动,以及与所处环境之间的整合高度相关。
B3 DNA结合结构域是一些转录因子中的保守序列的DNA结合结构域在超过40个物种中发现,与其它结构域一起执行转录因子的功能。B3结构域的一级结构为100-120个氨基酸残基,二级结构为七个Β折叠和两个α螺旋,三级结构为假棒状,从B-DNA结构的大沟处结合DNA分子。
BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列比对的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中,他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。与PAM打分矩阵相比,BLOSUM打分矩阵的内容皆由观察得出。在实际运用中,BLOSUM矩阵通常能获得更好的结果。
ENTH结构域是一种涉及内吞作用和细胞骨架机制的蛋白质结构域。ENTH结构域长约150个氨基酸,在各物种中保守序列,最初发现于内吞适配蛋白的N-末端,因而得名。
SH3结构域是最早在病毒信号转导接头蛋白v-Crk及酪氨酸激酶Src、Abl中发现的长约60个氨基酸残基的保守序列结构域,在磷酸肌醇3-激酶、Ras超家族G蛋白、cdc25中也存在
SUN结构域是一种保守序列C-末端蛋白结构域,名称来自:Sad1p,UNC-84 的首字母缩写,长度不到100个氨基酸残基,常位于跨膜蛋白的附近,可与含有KASH结构域的蛋白质相互作用。