克罗地亚独立国大屠杀，指的是二战期间针对犹太人的种族灭绝，有时也被用来指代克罗地亚独立国时期纳粹政权对塞尔维亚人以及罗姆人的大屠杀。克罗地亚独立国，二战期间纳粹的傀儡政权，由乌斯塔沙领导，其领土包括现代波斯尼亚和黑塞哥维那的整个地区以及斯雷姆的东部，以及现代克罗地亚的大部分区域。1941 年，有 39000 名犹太人生活在 NDH。据美国大屠杀纪念馆统计，30000 多名犹太人在种族灭绝中被杀害，这其中有 6200 人被运往纳粹德国，其余人丧生在 NDH。大多数人在乌斯塔沙建立的集中营，如亚塞诺瓦茨集中营遇害。乌斯塔沙是二战期间欧洲唯一一个建立灭绝营以屠杀犹太人和其他种族为目的的 Quisling 组织。
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克罗地亚独立国对塞尔维亚人的种族迫害是 1941 年 - 1945 年间由纳粹德国在克罗地亚独立国的傀儡政权乌斯塔沙一手促成的，该政权对塞尔维亚族进行系统性的种族清洗。在克罗地亚独立国集中营里，诸如滥杀无辜，种族清洗，驱逐出境，强制皈依，战争时期的性暴力等灭绝行为屡见不鲜。受纳粹种族政策以及创建血统纯正的“大克罗地亚”的最终目标影响，这一时期同时发生的大屠杀还有克罗地亚独立国大屠杀以及吞灭。
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