大台南公车绿干线为全市六大干线公车之一,由兴南客运营运。主要行驶于台20线之“玉南公路”路段。起点由台南转运站出发后,行经台南车站、永康区、兴南客运新化站、山上区丰德、左镇区,终点至兴南客运玉井站。绿干线的主题公车为“不倒翁公车”,另外曾因应春节于新化区举办的年货大街而推出活动期间限定的“年货公车”。本线系由原本往新化玉井方向之数条公路客运路线改制而成,于2013年3月1日正式通车。
大台南公车橘干线为大台南公车六大干线公车之一,由兴南客运营运。起站由兴南客运佳里站出发后,行经麻豆转运站、善化车站、大内,并行驶台84线快速公路,为全台南市第一条行驶快速公路的干支线公车路线,终点行驶至兴南客运玉井站。。橘干线主题公车为“水果王国”,另外曾因应玉井芒果产季与芒果节活动举办而推出期间限定的“芒果公车”。