药物设计，又称理性药物设计，根据对于靶点的现有知识，去寻找与发明出新型药物的过程。药物设计根据有机化合物小分子物质的化学结构、电价与形状等，来设计出可能达到效果的新型化学药物。使用电脑分子建模技术，来进行药物设计，称为电脑辅助药物设计。根据对于生物目标的化学结构来进行设计，称为结构药物设计。除了小分子之外，生物治疗，特别是单克隆抗体治疗是越来越重要的一类药物，并且已经开发了用于改善这些基于蛋白质的治疗剂的亲和力，选择性和稳定性的计算方法。
亚佛加厥是一个分子编辑软件，是一款自由软件，被设计用于计算化学，分子建模，生物化学，材料科学， 以及相关领域的跨平台软件。并且提供添加插件，附加元件或插件的功能。其名称是以意大利化学家亚佛加厥命名的。
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