南京地铁1号线，是南京地铁首条建成线路。线路北起迈皋桥站，南至中国药科大学站，全长38.9公里，目前共有27站运营。1号线贯穿南京主城南北中轴线，行经栖霞区、鼓楼区、秦淮区、雨花台区和江宁区，并连接国铁南京站、南京南站与中华门站，是南京地铁最重要、日均客流量最大的的线路。
南京地铁4号线是南京地铁的一条东西走向的城区干线。一期工程东起仙林湖站，西至龙江站，横穿主城和仙林新市区。一期工程线路全长33.75公里，设车站18座，在灵山站附近设控制中心，设青龙车辆段。2011年12月27日，一期工程试验段开工，2012年12月全线动工，于2017年1月18日正式运营。
南京地铁2号线是南京地铁的一条东西向主干线路，西起鱼嘴站，东至经天路站。全线设车站30座，全长43.35公里。2010年5月28日与南京地铁1号线南延线同日开通运营。
仙新路站是南京地铁南京地铁7号线的起讫站，也是和规划中的南京地铁8号线的换乘站。它是地下车站，站台宽度12米，位于尧佳路和仙新路交叉口，其站名源自于临近道路仙新路。
铁心桥站是南京地铁S3号线的车站，位于铁心桥大道处。车站于2017年12月6日随南京地铁S3号线开通启用。“铁心桥”为秦淮新河上的一座石桥，相传为了纪念北宋建康府通判杨邦乂而修建。
马群车辆段是南京地铁南京地铁2号线的一座车辆基地，位于南京栖霞区。
南京地铁9号线是南京地铁线路，代表色为橘红色，一期工程由红山新城站至江苏大剧院·宪法广场站，设16站，全长19.5公里。南京地铁9号线一期工程已列入《南京市城市轨道交通第二期建设规划》，规划建设期为2016年至2020年，计划投资141.1亿元。在9号线一期工程正式实施前，其线位和站位仍有调整的可能。二期工程由绿博园延伸至板桥地区。
南京地铁S7号线又称宁溧城际轨道交通，是江苏省南京市的一条轨道交通线路，是南京地铁、南京都市圈轨道交通、江苏省沿江城市群城际轨道交通线网的重要部分，于2018年5月26日通车，部分列车与南京地铁S1号线贯通运营至南京南站。2020年12月，南京都市圈会议提出宁溧城际东延至溧阳。
紫金山东站是中国江苏省南京市东郊、紫金山站南1.8公里的曲线处的一座仙宁铁路高速铁路车站，隶属于中国铁路上海局集团，于2010年前后建成，与南京地铁金马路站相邻，其西侧紧靠百水河和既有宁芜铁路，东侧紧邻南京地铁2号线。建成至今，该站因成本、运量等问题与江浦站都一直保持暂停运营状态，因此也备受争议。
南京地铁18号线，据人民网介绍原名为南京地铁S11号线，是南京地铁规划中的线路。线路将从南京北站出发，跨长江后连接南京站、南京南站，到达禄口机场。
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