台湾水师协设置于1684年，为台湾清治时期的海上军事编制。隶属于台湾镇的台湾水师协设有中、左、右三营，掌管全台湾海防，连守港兵士共约有两千名，内地按班拨戍，饷有定额。以同治之后的编制而论，设置总部于安平区汛的台湾水师共有约五六十艘战船，且掌管炮台十数座。另外，该协主管为副将，所辖各营设有参将、游击等军事将领，按清制属绿营系统。
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台湾镇，又称福建台湾镇，初设于1684年，为台湾清朝时期的台湾清朝统治区最高军事单位，官署位于台湾府城镇北坊。主官是台湾镇总兵。台湾镇总兵受台湾道加兵备衔及福建台湾巡抚节制，初期统辖镇标中营，兼辖台湾北路协、台湾水师协、台湾城守营与台湾南路营等营。依照1728年《台湾府疆域图》所示，澎湖水师营2,017名、台湾水师营2,532名、台湾镇本部连同标中营2,633名、北路营898名和南路营898名，驻台官兵合计8,978名。1733年，澎湖水师营改制为澎湖水师协，其后又略有增减。而一般而言，掌管兵力约于10,000名至15,000名之间。兵力分配方式，约如乾隆年间奏章所奏：“台湾澎湖水陆兵丁12,176名。除水师兵4,163名外，南北两路共兵8,003名。”
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