吲哚，又名靛基质，是芳香环有机化学化合物，为双环结构，包含了一个六元苯环和一个五元含氮的吡咯环。因为氮的孤对电子参与形成芳香环，所以吲哚不是碱，性质也不同于简单的胺。
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X-gal是一种由半乳糖连接取代吲哚所组成的有机化合物。于1964年，由杰罗姆·霍维茨和在密歇根州底特律的合作者共同开发出合成方法。 正式的化学名称经常为了少去麻烦的短语而缩短到不准确，例如：bromochloroindoxyl半乳糖苷。这个X 吲哚酚很可能是来自X-gal收缩源中的X。X-gal多应用于分子生物学中测试Β-半乳糖苷酶。它也被用来检测组织化学和细菌学各种酶的活性。X-gal可以透过许多吲哚酚糖苷和酯，经由酶催化水解产生类似于靛蓝色且不溶的蓝色化合物。
色胺是一种见于植物、动物和真菌的单胺生物碱，含有一个吲哚核，结构与色氨酸类似并因此得名。它以痕量存在于哺乳动物脑中，有认为是起神经调质和神经递质的作用。
色氨酸是22个标准氨基酸之一，人体不能合成的必需氨基酸，因此它须从食物中汲取。它的标准遗传密码的密码子编码为UGG，只有L-立体异构体色氨酸有构造或酶活蛋白质的作用，R-立体异构体则偶尔在自然产生的肽中发现。色氨酸的明显结构式特征是，它含有吲哚官能团。它是血清素的前体，血清素是重要的神经递质。还能合成烟碱素。
利血平，或作利舍平，蛇根碱，是一种用于治疗抗高血压药及抗精神病药的吲哚生物碱药物，最初是在萝芙木属植物蛇根木中提炼而成。如今由于副作用较多并且更优的新药上市，利血平已不再是治疗的首选药物。儿茶酚胺类在对心率、心肌收缩力和外周阻力的调控上有着极大作用，利血平的降压作用是透过消耗外周交感神经末梢的儿茶酚胺而发挥药效。
费歇尔吲哚合成是一个常用的合成吲哚环系的方法，由赫尔曼·埃米尔·费歇尔在1883年发现。反应是用苯肼与醛、酮在酸催化下加热重排消除一分子氨，得到2-或3-取代的吲哚。目前治疗偏头痛的曲坦类药物中有很多就是通过这个反应制取的。反应的综述有：。
异吲哚是一种苯并杂环化合物，是吲哚的位置异构体。其环结构存在于酞菁染料和一些生物碱中。
吲哚啉是一种具有芳香性的含氮有机双环杂环化合物，它由一个苯环并上一个五元氮杂环。实际上它是吲哚在2,3位上被加成得到的产物。将其氧化/脱氢可以得到吲哚。
吲哚-3-乙酸，简称吲哚乙酸，又称萮乙酸，缩写为IAA，是一种杂环化合物。它属于一类重要的植物激素——生长素。这种无色的固体很可能是最重要的植物生长素。它是吲哚的衍生物，是在吲哚环上加上羧甲基后得到的物质。
芳香烃受体是碱性螺旋-环-螺旋转录因子家族中的一个成员。此受体的生理学配体未知，但他会结合一些例如天然植物黄酮类化合物、多酚类与吲哚类等外源配体，人造的多环芳烃以及类戴奥辛物质同样也是。AhR是一种通常情况下无活性而与一些共分子伴侣胞质溶胶结合的转录因子。一旦配体结合到例如2,3,7,8-四氯二苯二氧芑等化学物质上时，分子伴侣离解并导致AhR转移到细胞核中并与ARNT蛋白二聚体，致使基因转录产生改变。
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