酶，又称酵素，是一类大分子生物催化剂。酶能加快化学反应的速度。由酶催化的反应中，反应物称为底物，生成的物质称为产物。几乎所有细胞内的新陈代谢都离不开酶。酶能大大加快这些过程中各化学反应进行的速率，使代谢产生的物质和能量能满足生物体的需求。细胞中酶的类型对可在该细胞中发生的代谢途径的类型起决定作用。对酶进行研究的学科称为酶学。
磷酸酶是一种能够将对应底物去磷酸化的酶，即通过水解磷酸单酯将底物分子上的磷酸根除去，并生成磷酸根离子和自由的羟基。磷酸酶的作用与激酶的作用正相反，激酶是磷酸化酶，可以利用能量分子，如三磷酸腺苷，将磷酸基团加到对应底物分子上。在许多生物体中都普遍存在的一种磷酸酶是碱性磷酸酶。
线粒体膜间隙也称为“线粒体膜间间隙”，是线粒体外膜与线粒体内膜之间的空隙，宽约6-8纳米，其中充满无定形液体。由于线粒体外膜含有孔蛋白，通透性较高，而线粒体内膜通透性较低，所以线粒体膜间隙内容物的组成与细胞质基质十分接近，含有众多生化反应底物、可溶性的酶和辅助因子等。由于蛋白质不能穿过孔蛋白，所以它们必须以一段特定的信号序列以供识别并转运进膜间隙，细胞色素c正是以这种方式进入膜间隙的。线粒体膜间隙中还含有比细胞质基质中浓度更高的腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等激酶，其中腺苷酸激酶是线粒体膜间隙的标志酶，它可以催化膜间隙中三磷酸腺苷分子末端的磷酸基团转移到单磷酸腺苷分子上，生成两分子的二磷酸腺苷 。
辅酶A是一种辅酶，值得注意的是其在合成和氧化脂肪酸的角色，和在三羧酸循环中氧化丙酮酸。利用辅酶A作为底物，并在4％左右的细胞酶中作为基材。在人类中，辅酶A生物合成需要半胱氨酸、泛酸和三磷酸腺苷。主要参与脂肪酸以及丙酮酸的代谢。
辅酶A是泛酸在生物体内主要活性形式，由3',5'-ADP以磷酸酐键连接4-磷酸泛酰-β-巯基乙胺形成。辅酶A所含活泼巯基可与酰基结合形成硫脂，因此可作为酰基转移酶的辅酶，在糖、脂质、蛋白质等代谢过程中起到转移酰基的作用。
穴醚是一类人工合成的，可以与阳离子发生配位的双环和多环多齿配体。“穴醚”一词是指该配体形如空穴，将底物分子容纳在里面。整个分子是一个三维的结构。因此与单环的冠醚相比，穴醚配合物更加稳定，对底物分子的选择性也更强。形成的复合物具有脂溶性。唐纳德·克拉姆、让-马里·莱恩和查尔斯·佩特森通过对穴醚和冠醚进行研究，开创了超分子化学的先例，并因此获得了1987年的诺贝尔化学奖。
发酵或发酵作用，食品界也作酦酵，通用的定义是指通过酶的作用，使有机底物发生化学分解变化的代谢过程。但其意涵由使用场域的不同而不同。通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。
β-半乳糖苷酶是一种水解酶，催化β-半乳糖苷水解成单糖。使β-半乳糖苷酶作用的底物包括神经节苷脂GM1、乳糖苷、乳糖、各种糖蛋白。
自养生物也称为生产者，指食物链底端可以利用阳光或无机物氧化配以地热能将空气和周边环境中的二氧化碳、水以及无机盐等制造成有机物来提供代谢底物并存储化学能的生物，主要包括绿色植物、海藻和少数微生物。自养生物所生产的有机物可以被其它异养生物所消化使用，为食物网的各种物种的生存、繁衍和演化提供初始的营养和能量，成为驱动整个生态系统运作的燃料，其生物质也可以通过厌氧生物降解形成生物燃料和化石能源。
蛋白磷酸酶2是由PPP2CA基因编码的磷酸酶。PP2A存在于很多组织中，为异三聚体，属于丝氨酸/苏氨酸磷酸酶，具有广泛的底物特异性和多样的细胞功能。PP2A的底物都是信号传导级联反应中的癌蛋白，如蛋白激酶B、Raf和MKK。
嘧啶代谢是指一系列以嘧啶作为底物或代谢产物而进行的代谢途径。在生物中自然存在的嘧啶环如组成嘧啶核苷酸的嘧啶碱基，以及乳清酸等，都在嘧啶代谢中有着重要的角色。
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