核酸酶保护分析是一项用于生物化学与遗传学的实验室技术，可用以从细胞中提取出来混杂的RNA样本中鉴定出单独的RNA。此技术可以在即使总浓度很低的情况下鉴定一种或多种已知序列的RNA分子。被提取出来的RNA首先与反义RNA或DNA探针相混合，探针是与被研究的序列相互补的，接下来互补链相互杂交以形成双股RNA。此混合物接下来接触核糖核酸酶，这种酶特异性地切割仅为单股的RNA，但对双股RNA来说没有作用。当反应进行完全时，易受影响的RNA片段被降解为非常短的低聚物或单个核苷酸；存留下来的RNA片段是与之前所加进的反义链相互补的RNA，因此包含目的序列。
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