朗岛渔港位于台湾台东县兰屿乡，为当地台湾原住民达悟族朗岛部落出海捕鱼的重要港口，2016年台东县政府首度举办绿色港口评鉴计划，其中朗岛渔港获得分组第一的殊荣。朗岛渔港在农业委员会渔业署的渔港分类中，被划分为第二类渔港。
八斗子渔港位于台湾基隆市中正区的八斗子，是一座多功能的渔港，也是北台湾最大的渔港。依《渔港法》分类，其渔港等级为第一类渔港，主管机关为行政院农业委员会渔业署。其第二期港区又被称为碧砂渔港。
梧栖渔港是位于台湾台中市清水区，在民国七十八年，人潮渐渐增多，原为小型渔村，因政府征收了附近的海埔地，兼顾渔业的发展与契合社会的需求，将渔港朝生产、休闲、观光方向发展，现在的管理单位为农委会渔业署，属于第一类渔港。梧栖渔港是中台湾重要的渔业港口，也是休闲观光的海港又称“梧栖假日观光渔市”。在冬至前后这热闹的季节，都涌进各地捕捞乌鱼的船，最多可达三、四百艘；港区首创全国规模最大的鱼货直销中心，设有鱼货直销区128个、渔民销售区73个、餐饮区12以上个、娱乐渔船、休憩公园及渔港周边好游等区，共计210多个据点，朝向多元化周边经营。
枫港渔港位于台湾屏东县枋山乡善余村南侧，为行政院农业委员会渔业署辖属的第二类渔港之一，该渔港主管机关为屏东县政府，并委托枋寮区渔会管理营运，目前有近30艘渔船设籍于枫港渔港。
东港盐埔渔港是位于台湾屏东县东港镇与新园乡的渔业专用港口，港口管理单位为农委会渔业署，将其归为第一类渔港。该渔港是台湾南部最具规模之近海渔业渔港、也是远洋渔业重镇，重要性仅次于高雄前镇渔港和基隆正滨渔港，位居台湾第3。
新兰渔港为一座位于台湾台东县东河乡新兰村的渔港。新兰渔港距离南方的富冈渔港约15公里，在行政院行政院农业委员会渔业署新制的渔港法中，新港渔港被归类在第二类渔港之中，目前新兰渔港由台东县政府所有。
乌石鼻渔港为一座位于台湾台东县长滨乡的渔港，距离北方同在长滨乡的长滨渔港约8公里。目前在行政院农委会渔业署新制的渔港法之中，被归类在第二类渔港中，由新港区渔会进行管理。
旭海渔港位于台湾屏东县牡丹乡旭海村，为农业委员会渔业署归类的第二类渔港之一，也是恒春半岛最东北方的港口，及屏东县境内唯一的台湾原住民乡镇渔港。旭海渔港曾入围台湾十大魅力渔港之一，目前由恒春区渔会代屏东县政府管理及营运。
梧栖渔港是位于台湾台中市清水区，在民国七十八年，人潮渐渐增多，原为小型渔村，因政府征收了附近的海埔地，兼顾渔业的发展与契合社会的需求，将渔港朝生产、休闲、观光方向发展，现在的管理单位为农委会渔业署，属于第一类渔港。梧栖渔港是中台湾重要的渔业港口，也是休闲观光的海港又称“梧栖假日观光渔市”。在冬至前后这热闹的季节，都涌进各地捕捞乌鱼的船，最多可达三、四百艘；港区首创全国规模最大的鱼货直销中心，设有鱼货直销区128个、渔民销售区73个、餐饮区12以上个、娱乐渔船、休憩公园及渔港周边好游等区，共计210多个据点，朝向多元化周边经营。
台菲渔业冲突是指中华民国与菲律宾两国数十年来在各自主张之专属经济海域重叠区域上多次发生的时候渔业纠纷，甚至造成渔民伤亡。渔业署统计从1990年至2012年，菲律宾就扣留了108艘台湾渔船。有渔民指到南海捕鱼时必须带大笔现金在身上，以应付菲律宾海巡署公务船的“登船安检”。这个习惯被形容为渔民之间的“潜规则”。
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