独立书店一词通常用于一间主要以当地人拥有、经营的书店。这种书店可以构建为独资企业企业、少数人持股公司或合作伙伴、合作社或非营利组织。这种书店可与当地社区有紧密的结合，并可经常和非营利社群活动接触，而且可帮助培养年轻作家。独立书店的书的选择往往较连锁书店的选书较为深奥或偏向非主流市场，所以独立书店有部分的书是创作者个人出版的书。独立书店可以是连锁书店的相反词。
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铜锣湾书店，是一家原位于香港的独立书店及楼上书店，由香港人林荣基于1994年创办。2020年4月25日，林荣基在台湾台北市中山区南京西路重新开幕铜锣湾书店。
夕拾×闲社是香港一间位于观塘的独立书店，于2020年6月创立。
有河book是位在中华民国新北市淡水区的一家独立书店，创办人为隐匿与詹正德两夫妇。书店自2006年11月创办，于2017年10月因隐匿旧疾复发，停止营业。有河Book曾被孤独星球中国版评为台湾最有特色的六家“咖啡店”之一的书店。
书粥，台湾台东县长滨乡的独立书店，店址邻近台11线，2019年2月2日开幕，创办人为高耀威。
书汤是一家位于美国洛杉矶的独立书店，位于西好莱坞的日落大道上。这家店以其高耸、堆满书本并且排列复杂的书架而知名，吸引了许多到访的游客。 这家书店在娱乐产业界广受欢迎，主持了许多知名作家的活动，包括穆罕默德·阿里、霍华德·斯特恩、安妮·莱柏维兹、恰克·帕拉尼克、珍娜·詹姆森、门户乐团等。 另外，作为日落大道上的文化枢纽，书汤时常被用作电影、电视剧的场景。
我的书房是香港的一间独立书店暨旧书店，于太子和深水埗合共设分店四间，由莫思维于2014年7月创立。
富王大饭店坐落于台中西屯区之老字号饭店，除了座落地点为台中市重要交通枢纽地带，毗邻新光三越百货商圈、台中国家歌剧院、秋红谷广场、台中市政府、爱买、台中市第七期市地重划区及许多文化空间、独立书店等，为台中市最现代化的重要社经中心地段。自1985年开幕至今，历经Sars、921大地震风暴历久不衰。
铜锣湾书店，是一家原位于香港的独立书店及楼上书店，由香港人林荣基于1994年创办。2020年4月25日，林荣基在台湾台北市中山区南京西路重新开幕铜锣湾书店。
一拳书馆，简称“一拳”，是香港的一间独立书店，位于深水埗大南街169-171号大南商业大厦3楼，由庞一鸣于2020年9月创立。
七份一书店是香港的一间独立书店，于油麻地、深水埗及湾仔共设分店三间，由社会企业“滚动的书”于2021年创立。
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