甲氧基是具有 -OCH3 结构的基团，可以看成甲基醚的一部分。
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2-甲氧基安非他命，又名甲氧基苯丙胺，是一种安非他命类药物。与苯丙胺， MMA和PMA等相关药物相比，它在再摄取抑制剂单胺类神经递质的再摄取和诱导单胺释放剂方面明显较弱， 并且可以代替其N-甲基结构类似物甲氧那明作为肾上腺素受体激动剂。
4-甲氧基雌二醇是一种天然产物内源性的甲氧基化的儿茶酚雌激素和雌二醇的代谢产物，在体内通过儿茶酚-O-甲基转移酶催化反应中间体4-羟基雌二醇生成，其雌激素活性近似雌酮和4-羟基雌酮。
丁香酚是一种天然产物的芳香性有机化合物，可看作连苯三酚甲氧基。
松柏醛是一种有机化合物，化学式C10H10O3，属于肉桂醛的4-羟基，3-甲氧基衍生物，是植物合成木质素的前体物质。
2'-O-甲基化是RNA一种常见的核苷修饰，为核苷中核糖2号位的氢氧基被甲基化而形成甲氧基，此修饰常见于核糖体RNA与SnRNA中与转译和剪接体功能相关的位点，且在MRNA、TRNA、SnoRNA与SiRNA中也有，域生物与病毒RNA的A、尿苷、胞苷、鸟苷四种碱基中皆有此修饰。目前哺乳类与酵母菌已有超过1200个2'-O-甲基化位点被发现，纪录于RMBase数据库中。有研究显示rRNA中的一些2'-O-甲基化位点为部分修饰，意即细胞中只有一部分rRNA在这些位点被修饰，可能是核糖体异质性的机制之一。
2-甲氧基雌酮是一种内源性的甲氧基化的儿茶酚雌激素和雌酮的代谢产物，可由儿茶酚-O-甲基转移酶催化反应中间体2-羟基雌酮生成。2-甲氧基雌酮对雌激素受体只有很低的亲和力，缺少雌激素效应，这一点和雌酮不同，但和2-羟基雌酮、2-甲氧基雌二醇类似。
4-甲氧基雌酮是一种天然产物内源性的甲氧基化的儿茶酚雌激素和雌酮的代谢产物，在体内通过儿茶酚-O-甲基转移酶催化反应中间体4-羟基雌酮生成，其雌激素活性近似雌酮和4-羟基雌酮。
头霉素是一类Β-内酰胺类抗生素，和头孢菌素同属于头孢烯衍生物，区别在于头霉素比头孢菌素多一个7α位置上的甲氧基。有时头霉素也被当做头孢菌素中的一类，与大多数头孢菌素不同，头霉素是一种非常有效的抗厌氧生物的抗生素。
烷氧基是指烷基与氧原子连结后的生成基团。此类官能团可以有很多种，最简单的是甲氧基。乙氧基存在于有机化合物苯乙醚中。除了烷氧基外也存在着芳氧基。
头孢烯是一类不饱和度的Β-内酰胺抗生素的统称，其核心结构包括有一个β-内酰胺四元环和含硫的不饱和六元环，结构上分为头孢菌素和头霉素两类，头霉素比头孢菌素多一个7号位置上的甲氧基。
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