其父刘法是北宋末年熙河经略使，在对西夏的战争中阵亡。刘正彦初为合门祗候，宋高宗建炎二年，被其父部属王渊推荐，担任武德大夫、知濠州。擢升为御营右军副都统制，王渊分属下精兵三千，后来护送后宫、皇子抵达杭州。建炎三年，王渊升任签书枢密院事，将给刘正彦索要回来，因此刘正彦与王渊有怨。刘正彦伙同苗傅发动兵变，刘正彦杀死王渊，苗傅杀死宦官康履，史称苗刘兵变。他们逼迫宋高宗传位给皇子赵旉，请昭慈圣献皇后临朝听政。刘正彦担任御营副都统制、淮西制置副使。张浚、韩世忠起兵勤王，兵临杭州城下，刘正彦、苗傅趁夜从涌金门逃出杭州，刘正彦在浦城被韩世忠所擒。苗傅被捕后，两人一起被磔死在建康府。
洪武年间中举，授襄阳教授。永乐初年，担任刑科给事中，历任左右给事。敢于直言，并弹劾都御史陈瑛、御史袁纲、覃珩。并弹劾工部侍郎陈寿、工部尚书宋礼劳民。随后升大理寺右丞。明成祖北征时，太子朱高炽监国。当时汉王朱高煦谋夺嫡，勾结明成祖左右官员，导致东宫官僚多得罪。耿通则从容谏帝，导致明成祖不悦。永乐十年，当时有人通称其有罪，朱棣大怒，命都察院会文武大臣到午门，说必杀耿通，最后磔死。
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