线粒体基质 编辑
线粒体基质是线粒体中由线粒体内膜包裹的内部空间，其中充满无定形液体，含有参与三羧酸循环、脂肪酸氧化、氨基酸降解等生化反应的酶。其中，苹果酸脱氢酶是线粒体基质的标志酶。线粒体基质中的某些酶系组成网状结构，与线粒体内膜内侧有一定的连接，利于上述酶促反应所形成的NADH转移至内膜的电子传递链中。除各种可溶性酶外，线粒体基质还含有线粒体自身的DNA和核糖体。
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线粒体内膜是位于线粒体外膜内侧，包裹着线粒体基质的一层单位膜。线粒体内膜比外膜稍薄，厚约5-6纳米。线粒体内膜中蛋白质与磷脂的质量比较高，并含有大量的心磷脂。线粒体内膜的某些部分会向线粒体基质折叠形成嵴，嵴的形成可大大增加该膜的表面积。线粒体内膜的标志酶是细胞色素氧化酶。
线粒体融合是线粒体之间相互合并的过程，在真核细胞持续进行并受到高度调控。线粒体融合对线粒体正常功能的发挥具有非常重要的作用。在融合过程中，线粒体之间可以进行线粒体DNA的交换，以修复衰老和环境因素导致的DNA损伤或基因突变。人类细胞需要通过线粒体融合的互补作用来抵抗衰老；酵母菌细胞线粒体融合发生障碍会引起呼吸链缺陷。线粒体间的融合需在一种分子量约为800kDa的蛋白质复合物——“融合装置”的介导下进行，该过程可大致分为四个步骤：锚定、线粒体外膜融合、线粒体内膜融合以及线粒体基质内含物融合。
线粒体膜间隙蛋白质是对存在于线粒体膜间隙中的蛋白质的统称。这些蛋白质包括腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等。虽然线粒体拥有自身的核糖体，可以在线粒体基质中完成蛋白质生物合成，但线粒体膜间隙蛋白全部都是在细胞质基质中完成合成的。膜间隙蛋白有保守性寻靶和非保守性寻靶两种转运定位方式。有研究表明，线粒体膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
线粒体膜间隙蛋白质是对存在于线粒体膜间隙中的蛋白质的统称。这些蛋白质包括腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等。虽然线粒体拥有自身的核糖体，可以在线粒体基质中完成蛋白质生物合成，但线粒体膜间隙蛋白全部都是在细胞质基质中完成合成的。膜间隙蛋白有保守性寻靶和非保守性寻靶两种转运定位方式。有研究表明，线粒体膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
线粒体膜间隙蛋白质是对存在于线粒体膜间隙中的蛋白质的统称。这些蛋白质包括腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等。虽然线粒体拥有自身的核糖体，可以在线粒体基质中完成蛋白质生物合成，但线粒体膜间隙蛋白全部都是在细胞质基质中完成合成的。膜间隙蛋白有保守性寻靶和非保守性寻靶两种转运定位方式。有研究表明，线粒体膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
线粒体膜间隙蛋白质是对存在于线粒体膜间隙中的蛋白质的统称。这些蛋白质包括腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等。虽然线粒体拥有自身的核糖体，可以在线粒体基质中完成蛋白质生物合成，但线粒体膜间隙蛋白全部都是在细胞质基质中完成合成的。膜间隙蛋白有保守性寻靶和非保守性寻靶两种转运定位方式。有研究表明，线粒体膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
线粒体拟核相关蛋白是存在于线粒体拟核中的蛋白质的统称，主要包括转录因子、单链DNA结合蛋白以及众多参与线粒体中代谢途径的多功能蛋白。这些蛋白质均由核基因编码, 在细胞质基质中蛋白质生物合成再转运至线粒体基质内执行功能。除了参与转录，线粒体拟核相关蛋白在线粒体DNA折叠和线粒体拟核结构组织中也发挥重要作用。线粒体拟核的结构与功能的完整性都依赖于这些蛋白之间以及蛋白与mtDNA间的相互作用。多种线粒体拟核相关蛋白的缺失也会使拟核结构不稳定，并最终导致DNA损伤。
线粒体拟核相关蛋白是存在于线粒体拟核中的蛋白质的统称，主要包括转录因子、单链DNA结合蛋白以及众多参与线粒体中代谢途径的多功能蛋白。这些蛋白质均由核基因编码, 在细胞质基质中蛋白质生物合成再转运至线粒体基质内执行功能。除了参与转录，线粒体拟核相关蛋白在线粒体DNA折叠和线粒体拟核结构组织中也发挥重要作用。线粒体拟核的结构与功能的完整性都依赖于这些蛋白之间以及蛋白与mtDNA间的相互作用。多种线粒体拟核相关蛋白的缺失也会使拟核结构不稳定，并最终导致DNA损伤。
线粒体拟核是一种存在于线粒体内类似原核细胞的拟核的结构，是由线粒体DNA和多种蛋白质组成的核蛋白复合物。线粒体拟核一般呈颗粒状分布于线粒体基质的特定位置，并经某些蛋白质锚定在线粒体内膜内侧表面上。线粒体拟核能直接或间接地与驱动蛋白进行相互作用，在线粒体分裂中作为mtDNA分离的基本单位。
目前已在多种真菌、植物和哺乳动物的线粒体中发现了拟核，说明该结构可能是真核细胞内mtDNA的普遍存在形式。
线粒体嵴简称“嵴”，是线粒体内膜向线粒体基质折褶形成的一种结构。线粒体嵴的形成增大了线粒体内膜的表面积，让呼吸作用的耗氧化学反应可以更快进行。嵴膜上有很多蛋白质，包括ATP合酶和各种细胞色素。