宽永寺，位于日本东京都台东区的上野，为天台宗别格大本山，本尊为药师如来，寺内拥有的三尊木造的药师佛像被日本政府指定为重要的文化财产。宽永寺的创立者是德川家光，由第一任住持天海在1625年所建造。因为在宽永年间开始建造，所以被称为宽永寺，宽永寺也是德川家的菩提寺之一。江户时代十五位大将军中，总共有六位被埋葬在宽永寺。十七世纪中期以后，历代住持开始由皇族担任，日光山与比叡山被当成天台宗的本山。宽永寺原先的范围是在现在不忍池及上野站的地区。不忍池及位在中央小岛上的辩天堂是为了模仿琵琶湖及湖中央的竹生岛。原本人们只能搭船前往辩天堂，后来才建造一座石桥让人们可以步行前往。辩天堂曾在第二次世界大战时被摧毁，后来才再度重建。
三千院是位在日本京都府京都市左京区大原的天台宗寺院。山号“鱼山”。本尊药师如来、开基为最澄。历代天台座主辈出，别称“三千院门迹”、“梶井门”，和青莲院、妙法院并称天台宗之三门迹寺院。
久米寺是位在日本奈良县橿原市的真言宗御室派寺院。山号“灵禅山”。本尊药师如来、传说开基为圣德太子之弟来目皇子或久米仙人。
备中国分寺是位在日本冈山县总社市的真言宗御室派寺院。山号“日照山”。本尊药师如来、开基为圣武天皇。田园风景之中的国分寺五重塔是观光地吉备路的象征。
牛头天王是日本神佛习合的神。京都东山区祇园、播磨国广峰山镇座之神，和苏民将来传说的武塔神视为同一神。印度释迦牟尼的诞生地祇园精舍的守护神，称作祇园神的祇园信仰之神。在阴阳道和天道神视为同一神。神佛习合中和药师如来、素戋呜尊习合。从现在称作八坂神社的感神院祇园社劝请，在全国的祇园社、天王社祭祀。
椿大神社是一座位于日本三重县铃鹿市山本町的神社，又称猿田彦大本宫，社格是式内小社、伊势国一宫、县社和别表神社，主祭神是猿田彦，别当寺是以瑞光院为中心的阿弥陀寺、东光寺、玉传寺、大日寺、六云寺和国照寺，神宫寺是被认为是神社奥之院的光云寺，本地佛是椿满行菩萨，并且推测尚有原本供奉于瑞光山别当寺的十一面观音、大日如来、药师如来、不动明王、圣德太子和阿弥陀如来，氏子数目在1912年时是434户，2020年的参拜人数达158万人次，在三重县内仅次于伊势神宫和二见兴玉神社，位列第三名。此外，由神社负责管理的地形“石大神”在1996年3月7日获指定为三重县天然纪念物。
净妙寺是位于和歌山县有田市的临济宗妙心寺派佛寺。山号是医王山。本尊为药师如来。位于山腹的寺域，现在存有本堂和多宝塔等等属于日本历史的建筑物。
本福寺位于兵库县淡路市，真言密教寺院中的真言宗御室派别格本山上，平安时代后期建造的寺院。该寺的药师如来像为淡路市的重要文化财产。
本福寺位于兵库县淡路市，真言密教寺院中的真言宗御室派别格本山上，平安时代后期建造的寺院。该寺的药师如来像为淡路市的重要文化财产。
信浓国分寺是位在日本长野县上田市的天台宗寺院。本尊药师如来、开基为圣武天皇。信浓国国分寺是少数国分僧寺和尼寺邻接的寺院。别称“八日堂”。
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