菊头蝠科是哺乳纲翼手目小蝙蝠亚目下的一科，其下仅有菊头蝠属一个现生的属，包括6个亚属共约100种，广泛分布于非洲、亚洲和澳洲的热带及亚热带地区，在欧洲也有分布，另有一个已灭绝的属Palaeonycteris。菊头蝠属的蝙蝠俗称菊头蝠或蹄鼻蝠，与蹄蝠科的亲缘关系接近，两者约于3400万至4000万年前分家，后者过去曾被归入本科中。此类蝙蝠的生物地理演化史复杂，可能有许多隐存种尚未被发现，已发表物种中也有些可能不存在明显基因分歧而应属同种。
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菊头蝠超科又称菊头蝠总科是蝙蝠阴翼手亚目的两个超科之一，包含菊头蝠科、凹脸蝠科、蹄蝠科、假吸血蝠科、鼠尾蝠科与Rhinonycteridae等科，阴翼手亚目的另一个超科则为狐蝠总科，仅包含狐蝠科一科。此分类单元最早于1928年由Weber提升为超科。
阴翼手亚目为翼手目下的一个亚目，包含了以前所认知的狐蝠科以及5个本来属于小蝙蝠的科：凹脸蝠、鼠尾蝠科、菊头蝠科、蹄蝠科与假吸血蝠科。阴翼手亚目的分类基本原理来自于分子遗传资讯，而分类的结果则挑战了早期提出的狐蝠科与小蝙蝠单系群。透过分子遗传学与生物形态学的研究分析，阳翼手亚目与阴翼手亚目的分类结果逐渐获得支持。
阳翼手亚目为翼手目下的一个亚目，于1984年由卡尔·库普曼提出，包含了鼠尾蝠科、菊头蝠科、蹄蝠科与假吸血蝠科之外的小蝙蝠。其余的蝙蝠包括狐蝠科则属于阴翼手亚目。
施氏菊头蝠，一种分布于中华人民共和国云南省的蝙蝠，隶属于菊头蝠科菊头蝠属。模式产地为云南宜良县耿家营。种加词取自德国蒂宾根大学教授汉斯－乌尔里希·施尼茨勒的姓氏，以表彰其对菊头蝠研究的贡献。
普氏蹄蝠为菊头蝠科蹄蝠属的动物。分布于越南北部、中国江西、广西、陕西、贵州、安徽、云南、四川、江苏、福建、浙江、湖南等地，主要生活于岩洞。该物种的模式产地在四川。
无尾蹄蝠为菊头蝠科无尾蹄蝠属的动物。分布于台湾岛以及中国大陆的广西、云南、四川、海南、福建等地，多生活于岩洞。该物种的模式产地在孟加拉。
小褐菊头蝠，一种分布于印度尼西亚、马来西亚、泰国、越南及中华人民共和国云南省西双版纳傣族自治州等地区的蝙蝠，隶属于菊头蝠科菊头蝠属。
安达曼马蹄蝠，是菊头蝠科家族成员，也是印度安达曼群岛特有种。
小菊头蝠，也叫菲菊头蝠，是菊头蝠科的其中一个成员。这个品种可以于中国、印度，以及其他东南亚地区例如泰国、马来西亚等地找到。在中国大陆，分布于香港、广西、海南、安徽、云南、四川、江苏、福建、浙江、湖北等地。该物种的模式产地在爪哇。
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