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国务机要费为中华民国总统府因应执行业务需要，并核定国务机密相关案件所需之费用。根据总统府单位预算所附之《岁出计划提要及分支计划概况表》所述，国务机要费系供中华民国总统依据中华民国宪法规定行使职权相关必要之费用，包括政经建设访视、军事访视、犒赏及奖助、宾客接待与礼品致赠等费用。另一方面，因为马英九特别费案之审理法官蔡守训认为该费用与其他机关首长之特别费相异，故行政院于2004年对特别费不需检具原始凭证列报金额不得超出一半之统一规定对该费用并不适用，总统府本身并未对国务机要费做出相关的规定，因而据称应该并不受行政院统一规定之限制。但自2006年9月起，行政院主计处及总统府开始对国务机要费订定相关规定，要求国务机要费及特别费全部都需要单据列报，回归相关的主计法规之规定。