三级结构 编辑
蛋白质三级结构是在生物化学里指蛋白质整体几何形状,亦称为其蛋白质折叠。蛋白质分子是一连串的氨基酸一条线地接结,基本上假定其会有一可作用其生物功能的三维结构。对蛋白质三级结构的研究称为结构生物学。蛋白质的三级结构是由它的原子坐标定义的。这些坐标可参照或一个蛋白质结构域或整个三级结构。许多三级结构可以折叠形成一个四级结构。
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蛋白质结构域是蛋白质中的一类结构单元,是构成蛋白质三级结构的基本单元。
蛋白质亚基又称蛋白质次单元,是组成具完整结构或功能蛋白质的一部分,其为相对独立的“结构域”、“结构片段”或“次级结构单位”。在结构生物学中,蛋白质亚基是单一蛋白质分子,其与其他蛋白质分子组装以形成蛋白质复合体。亚基也是蛋白质的最小共价单位,具有完整的三级结构
多重序列比对是对三个以上的生物学序列,如蛋白质序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比对。一般来说,是输入一组假定拥有演化关系的序列。从MSA的结果可推导出序列的同源性,而种系发生关系也可引导出这些序列共同的演化始祖。如右图般的视觉化叙述可描绘出各种突变事件,例如点突变的单格变化,或是如删除突变与插入突变,可使各个序列之间产生鸿沟。MSA常用来研究序列的保守序列,或是蛋白质结构域的三级结构与二级结构,甚至是个别的氨基酸或核苷酸。
蛋白质亚基又称蛋白质次单元,是组成具完整结构或功能蛋白质的一部分,其为相对独立的“结构域”、“结构片段”或“次级结构单位”。在结构生物学中,蛋白质亚基是单一蛋白质分子,其与其他蛋白质分子组装以形成蛋白质复合体。亚基也是蛋白质的最小共价单位,具有完整的三级结构
D臂是转运RNA的一个三级结构,包括有两个D茎和一个D环,得名于D环上所含有的特殊碱基二氢尿嘧啶。
D环的主要功能是用于识别,现在普遍认为D环是氨酰tRNA合成酶的识别位点。D茎也可能有识别作用,但这还有待证明。
蛋白质结构域是蛋白质中的一类结构单元,是构成蛋白质三级结构的基本单元。
蛋白质亚基又称蛋白质次单元,是组成具完整结构或功能蛋白质的一部分,其为相对独立的“结构域”、“结构片段”或“次级结构单位”。在结构生物学中,蛋白质亚基是单一蛋白质分子,其与其他蛋白质分子组装以形成蛋白质复合体。亚基也是蛋白质的最小共价单位,具有完整的三级结构
在分子生物学中,双螺旋是指由核酸的双链分子所形成的结构。核酸复合物的双螺旋结构是它的二级结构的结果,并且是确定其三级结构的基本组成部分。这个术语因詹姆斯·杜威·沃森于1968年出版的双螺旋:发现DNA结构的故事而闻名。
DNA夹是一种蛋白质的三级结构,为DNA复制过程中的持续性-启动因子,是DNA聚合酶III全酶的必要组成,可避免DNA聚合酶与DNA模板分离,并提升DNA合成速率。
环醇假说,为第一个折叠的球状蛋白质结构模型概念 ,这是多萝西·林奇在20世纪30年代基于三个假设提出的。首先,该假设假设两个肽键由Cyclol反应交联而成,这些交联键是共价的肽的同系物之间的氢键,而非“共价键”。这些反应已被发现存在于麦角灵和其他化合物中。第二,该假设提出在某些条件下,氨基酸会自然地在最大数量上进行Cyclol交联反应,生成Cyclol分子和Cyclol结构。这些Cyclol分子和Cyclol结构从来没有被观察到。最后,该假设认为球状蛋白质的三级结构对应的柏拉图立体和半规则的多面体形成的Cyclol结构是没有自由边缘的。这种“封闭式的Cyclol”分子也没有被观察到。