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多重序列比对
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多重序列比对是对三个以上的生物学序列,如
蛋白质
序列、
DNA
序列或
RNA
序列所作的
序列比对
。一般来说,是输入一组假定拥有
演化
关系的序列。从MSA的结果可推导出序列的同源性,而种系发生关系也可引导出这些序列共同的演化始祖。如右图般的视觉化叙述可描绘出各种突变事件,例如
点突变
的单格变化,或是如
删除
突变与
插入
突变,可使各个序列之间产生鸿沟。MSA常用来研究序列的
保守序列
,或是
蛋白质结构域
的
三级结构
与
二级结构
,甚至是个别的
氨基酸
或
核苷酸
。
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Pfam
是一个蛋白质家族数据库。此数据库会利用隐马尔可夫模型进行
多重序列比对
以及加上蛋白脚注。
Clustal
是一类用于
多重序列比对
的生物信息学计算机程序。
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的生物信息学计算机程序。