线粒体膜间隙也称为“线粒体膜间间隙”，是线粒体外膜与线粒体内膜之间的空隙，宽约6-8纳米，其中充满无定形液体。由于线粒体外膜含有孔蛋白，通透性较高，而线粒体内膜通透性较低，所以线粒体膜间隙内容物的组成与细胞质基质十分接近，含有众多生化反应底物、可溶性的酶和辅助因子等。由于蛋白质不能穿过孔蛋白，所以它们必须以一段特定的信号序列以供识别并转运进膜间隙，细胞色素c正是以这种方式进入膜间隙的。线粒体膜间隙中还含有比细胞质基质中浓度更高的腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等激酶，其中腺苷酸激酶是线粒体膜间隙的标志酶，它可以催化膜间隙中三磷酸腺苷分子末端的磷酸基团转移到单磷酸腺苷分子上，生成两分子的二磷酸腺苷 。
磷酸果糖激酶1是一种糖解作用里一种重要的酶，是一种由4个次单位组成的异位酵素，可受多种活化剂与抑制剂调控。在糖解作用里，PFK-1是负责将果糖-6-磷酸与三磷酸腺苷转变成为果糖-1,6-双磷酸与二磷酸腺苷。
ATP酶，又称为三磷酸腺苷酶，是一类能将三磷酸腺苷催化水解为二磷酸腺苷和磷酸根离子的酶，这是一个释放能量的反应。在大多数情况下，能量可以通过传递而被用于驱动其他需要能量的化学反应。这一过程被所有已知的生命形式广泛利用。
三磷酸腺苷合酶或ATP合酶，三磷酸腺苷酶的一种，在这里并特指F类的FoF1ATP合酶。它利用呼吸链产生的质子的电化学势能，通过改变蛋白质的结构来进行三磷酸腺苷的合成。ATP是大多数生物体中细胞最常用的“能量通货”。 它由二磷酸腺苷和磷酸盐形成。 ATP合酶催化的总体反应为：
三磷酸腺苷合酶或ATP合酶，三磷酸腺苷酶的一种，在这里并特指F类的FoF1ATP合酶。它利用呼吸链产生的质子的电化学势能，通过改变蛋白质的结构来进行三磷酸腺苷的合成。ATP是大多数生物体中细胞最常用的“能量通货”。 它由二磷酸腺苷和磷酸盐形成。 ATP合酶催化的总体反应为：
腺苷受体兴奋剂是一种或多种腺苷受体的兴奋剂。例如神经递质腺苷，其磷酸酯，单磷酸腺苷、二磷酸腺苷和三磷酸腺苷，以及药物regadenoson。
在生物化学中，去磷酸化或称脱磷酸化是一种通过水解从有机化合物中去除磷酸基团的化学反应。这是可逆的后转译修饰。去磷酸化及与其对应的磷酸化作用是通过分离或接上磷酸酯和酸酐来使酶活化及去活化。常见的去磷酸化作用如三磷酸腺苷转化为二磷酸腺苷和无机磷酸盐。
二磷酸腺苷核糖是一个由二磷酸腺苷的另一个磷酸基团再与核糖结合而形成的分子，可结合并激活TRPM2离子通道。
丙酮酸激酶是糖酵解过程中的一类酶，催化磷酸盐从磷酸烯醇式丙酮酸转移到二磷酸腺苷的反应，生成一分子丙酮酸和一分子三磷酸腺苷.
ATP酶，又称为三磷酸腺苷酶，是一类能将三磷酸腺苷催化水解为二磷酸腺苷和磷酸根离子的酶，这是一个释放能量的反应。在大多数情况下，能量可以通过传递而被用于驱动其他需要能量的化学反应。这一过程被所有已知的生命形式广泛利用。
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