代谢产物 ，又称代谢物是代谢的中间或最后产物，这个词汇是通常指的是小分子。他们有诸如作为燃料、结构、讯号、刺激、抑止酵素、防卫或作用在其他有机分子上。在一般成长，发育以及繁殖的阶段，就有初级代谢产物的参与。工业中被大量制造的乙烯，就是初级代谢产物中的一种。而次级代谢产物则不会接参与那些过程，但它们在生理功能上具有重要的意义。它们囊括了抗生素和色素，像是树脂和萜烯。放线菌素就是一种次级代谢产物，它们是从一级代谢产物的色胺酸转变而来的，但不是所有的抗生素都会把一级代谢产物当前体来使用。在代谢途径中，糖类中的葡萄糖和果糖就属于代谢产物。
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代谢物组是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞，一个细胞器，一个器官，一个组织，一个组织提取物，一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物，它们是由生物体天然产生的，又包括外源化学物质，它们不是由生物体天然产生的。换句话说，代谢物组既有内源性代谢物组又有外源性代谢物组。内源性代谢物组可进一步细分为包括“初级代谢产物”的和“次级代谢产物”的代谢物组。初级代谢产物是直接参与正常的生长，发育和繁殖。次级代谢产物并不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素，抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物，或者被认为是代谢物组的一部分，必须通常具有分子量<1500道尔顿。这意味着例如糖脂，多糖，短肽和小的寡核苷酸的分子可以视为代谢物质或代谢物组的成分。另一方面，非常大的高分子，如蛋白质，MRNA，核糖体RNA，微RNA和脱氧核糖核酸绝对不是代谢物质，并且不被认为是代谢物组的一部分。代谢物组的研究被称为代谢物组学。
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