兴南客运玉井站是台南市政府规划的大台南公车转运站，位于台南市玉井区中正路54号，经台南市政府补助兴南客运进行改善工程，于2014年2月22日重新启用，在旁亦有统一超商进驻服务。本站为行驶台南山区地带的绿支线与干线的转运中枢，同时亦为大台南公车橘干线、大台南公车绿干线两大干线转运中心。
大台南公车绿17线为大台南公车的23条绿支线之一，由兴南客运营运。起站由安平工业区出发后，行经西门路新光三越、台南车站、成功大学、四份子、昆山科技大学、大湾、西势里、仑仔顶等地区，终点则行驶至兴南客运新化站。
大台南公车绿干线为全市六大干线公车之一，由兴南客运营运。主要行驶于台20线之“玉南公路”路段。起点由台南转运站出发后，行经台南车站、永康区、兴南客运新化站、山上区丰德、左镇区，终点至兴南客运玉井站。绿干线的主题公车为“不倒翁公车”，另外曾因应春节于新化区举办的年货大街而推出活动期间限定的“年货公车”。本线系由原本往新化玉井方向之数条公路客运路线改制而成，于2013年3月1日正式通车。
大台南公车蓝干线为全市六大干线其中之一，由兴南客运营运。起点由安平工业区出发后，行经小西门、台南车站、台南转运站、安南区、安定区、西港区，终点行驶至兴南客运佳里站。蓝干线的主题公车为“北海小英雄”，本线系由原本往西港佳里方向之数条公路客运路线改制而成，于2013年4月1日正式通车。
辛西淮，清治台湾台南府人，企业家与政治人物，是台南当地的著名士绅。为兴南客运创办人，曾任日治台湾台南市协议会会员、台南州协议会会员、台南州会议员等职。1945年出任台湾总督府评议会会员。
兴南客运新化站是台南市政府规划的大台南公车转运站，位于台南市新化区中山路211号，邻近新化老街，经台南市政府补助兴南客运进行改善工程，于2014年2月22日重新启用。本站为行驶台南市区往来山区、及南科地区的大台南公车绿干线主要转运中枢。
大台南公车橘干线为大台南公车六大干线公车之一，由兴南客运营运。起站由兴南客运佳里站出发后，行经麻豆转运站、善化车站、大内，并行驶台84线快速公路，为全台南市第一条行驶快速公路的干支线公车路线，终点行驶至兴南客运玉井站。。橘干线主题公车为“水果王国”，另外曾因应玉井芒果产季与芒果节活动举办而推出期间限定的“芒果公车”。
大台南公车棕干线为全市六大干线公车之一，由兴南客运和新营客运联营。自新营车站出发之后，行经民治市政中心、盐水、学甲、奇美佳里分院，终点至兴南客运佳里站。由于棕干线的起讫站合称佳新干线，成为该线的噱头。棕干线的主题公车为“动物王国”。本线系由原本新营客运的7409路及兴南客运的7601路等2条公路客运路线改制而成，2013年5月1日正式通车。
兴南客运佳里站是台南市政府规划的公车转运站，位于台南市佳里区文化路198号，经台南市政府补助兴南客运进行改善工程，于2014年11月13日重新启用，在旁亦有7-Eleven进驻。本站为行驶台南沿海地区的蓝干支线主要转运中枢，同时亦为大台南公车蓝干线、大台南公车棕干线、大台南公车橘干线三大干线转运中心。
大台南公车黄干线为全市6大干线公车之一，由兴南客运和新营客运联合营运。起站由白河站出发，经由新营火车站后，再经由柳营、下营等地后，终点行驶至麻豆转运站，黄干线的主题公车为“花卉王国”。本线系由原本新营客运往白河方向的公路客运及兴南客运的2条往返佳里麻豆新营间的公路客运路线改制而成，于2013年7月1日正式通车。
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