401年,吕隆、吕超兄弟杀死后凉王吕纂。吕纂的弟弟陇西公吕纬和吕佗此时都在北城,便号令部队整装待发,准备发兵去进攻吕超。吕佗被妻子梁氏阻止:“吕纬、吕超都是我们的侄儿,为什么要舍弃吕超而帮助吕纬?自为祸首乎?”吕佗于是去对吕纬说:“吕超发动事变已成功,占领了武器库,把持了精兵,现在再去攻击实难取胜,况且我老了,不能再有作为了。”吕超的弟弟吕邈得到吕纬的宠信,劝说吕纬道:“纂贼杀兄弟,隆、超顺人心而讨之,正欲尊立明公耳。方今明公先帝之长子,当主社稷,人无异望,夫复何疑!”吕纬一个人骑马进了都城,被吕超抓住杀了。后秦陇西公姚硕德攻打姑臧,姚硕德活捉了龙骧将军吕邈。吕佗率领着东苑的部队二万五千人投降后秦,西凉国君李暠、南凉国君秃发利鹿孤、北凉国君沮渠蒙逊派遣使节向后秦纳贡。
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姜纪在后凉担任尚书。399年,吕弘派姜纪联络吕纂,反对君王吕绍。吕绍自杀,吕超逃奔广武。吕纂即位,400年,吕纂准备进攻北凉,姜纪劝阻:“盛夏农事很忙,应该息兵。今远征岭西,南凉秃发利鹿孤乘进攻京师,怎么办!”吕纂不从西征北凉。南凉袭姑臧,吕纂听说后带兵回来。401年,吕超反对吕纂,吕纂派吕佗、吕纬守北城,姜纪、焦辨守南城,杨桓、田诚守东苑。吕纬联络吕超。吕超立吕隆为主。姜纪向南凉秃发利鹿孤投降,广武公秃发傉檀与他探讨战略,非常喜爱、推崇姜纪,坐则连席,出则同车,每次在一起谈论事情,夜以继日。秃发利鹿孤对秃发傉檀说:“姜纪确有高才,但我看他没有常性,定不会长久留在我国。不如杀了他,否则,姜纪如果去了秦国,定会成为我国得祸患。”秃发傉檀说:“我以布衣之交平等待他,姜纪一定不会对不起我。”八月,姜纪带着几十个骑兵投奔后秦,对姚硕德说:“吕隆孤城无援,明公率大军兵临城下,他定会投降。但是他心里不一定服从。请明公交给我三千人步、骑兵,与王松匆利用后凉归顺的焦朗、华纯的部众,等待着凉国内讧,征服吕隆,就不成问题了。不然,现在秃发利鹿孤在南方,兵强国富,若再占有姑臧城,那么他威势更加强盛,沮渠蒙逊和李暠无力抵抗,必定归附秃发。如此,就是我们秦国的大敌了。”姚硕德上奏姚兴,请求任命姜纪做武威郡太守,给他部队两千人,驻守晏然。吕超进攻姜纪驻守的晏然,没有攻克。