含氮碱基是一类拥有氮的化合物，在性质上为碱性，是一种碱基。而胺类是最典型的含氮碱基。另外组成DNA与RNA的碱基，如嘧啶类，也是含氮碱基，又称核碱基。
URA3是酿酒酵母V号染色体上的一个基因，系统名称为YEL021W。URA3编码乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶 ，催化嘧啶生物合成的关键一步反应，常在酵母的研究中作为一种“标记基因”使用。
5-氟乳清酸是一种嘧啶生物合成前体乳清酸的氟取代衍生物。5-氟乳清酸可被URA3基因编码的乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶转化为具有毒性的5-氟尿嘧啶，因此常用于酵母的基因筛选。
二氢尿苷是一种嘧啶类核苷，由核碱基二氢尿嘧啶与核糖通过C-N糖苷键连结而成，比常见的尿苷多了两个氢原子，使其嘧啶环上不存在碳碳双键，常见于RRNA和TRNA，影响其核酸结构。
嘧啶类似物是与嘧啶结构上类似的核苷类似物抗代谢物。
硫胺素焦磷酸是一种硫胺素衍生物。它由硫胺素在肝细胞内受硫胺素焦磷酸激酶的催化被磷酸化而生成。分子内含有嘧啶环和噻唑环，不过噻唑环是其催化性质的关键。它是体内催化α-酮酸氧化脱羧的辅酶，也是磷酸戊糖途径中转酮酶的辅酶。其噻唑环2-位被去质子化后生成的叶立德是重要的中间物，它可作为亲核试剂进攻羰基的碳原子，噻唑环对碳负离子有稳定作用。
胸苷，是一种糖甘胺分子，组成物是核碱基加上核糖。自然界存在的形式其实是去氧胸苷，即核碱基加上环状去氧核糖，属于嘧啶类去氧核糖核苷，通常为DNA专有，是DNA的原料之一。
噻唑，或1,3-噻唑，是一个浅黄色可燃液体，气味与嘧啶类似，化学式为C3H3NS。它包含一个五元环，其中两个顶点分别是氮原子和硫原子，另外三个是碳原子。
转换突变是一种点突变，指DNA序列中嘌呤互相转换或嘧啶互相转换的突变，而嘌呤与嘧啶间的转换则称为颠换突变。一个核苷酸有两种颠换突变可能发生，仅有一种转换突变的可能，但后者发生的几率高于前者数倍，转换突变因摇摆碱基对之故而较少改变编码的氨基酸，可能因对基因的影响较小而较易被保留。
呋喃核糖是指一种含有呋喃环结构的五碳糖。是许多生物化合物的组成物，例如与嘧啶或嘌呤组成核苷的核糖，就是呋喃核糖。此外本身以及其衍生物也常用于制药。
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