石化是指有机物通过置换或有机物孔隙充填矿物而转化为石头的过程。石化通过两种相似方式的结合——矿质充填作用和置换而发生。硅化木是最常见的石化现象，但是所有有机质，从细菌到植物都可以石化。相关的学科有地质学和埋藏学。
腐蚀性物质，又称腐蚀品，是指那些在接触时会破坏其他物质的化学物质的特质。不同的腐蚀品可以腐蚀不同的物料，如金属及有机物等，但人们多关注于其对生物组织的伤害。
泥岩是一种沉积岩，成分比较复杂，层理不明显，由细颗粒的沉积物形成，黑色泥岩中常含有有机物质，是一种生油的岩系。泥岩根据其中混入的物质，可以分为：
高氯酸是一种无机化合物，化学式为HClO4，是一种强酸，有强烈的腐蚀性、刺激性，通常以无色水溶液的形式存在。高氯酸的酸酐为七氧化二氯。高氯酸的酸性强于硫酸、硝酸。热的高氯酸是一种极强的氧化剂，与有机物、还原剂、易燃物接触或混合时有引起燃烧爆炸的危险，但室温下70%以下浓度的高氯酸相对稳定一些。高氯酸常被用来制备一些高氯酸盐，例如火箭燃料的重要成分——高氯酸铵。总而言之，高氯酸具有相当强的腐蚀性和危险性，并且极易形成易爆炸的混合物。
机械互锁结构分子是超分子化学中一个重要的概念，在拓扑学领域颇有意义。机械互锁结构分子由许多环状分子嵌套而成，这些环状分子之间的连接并非传统的共价键，而是机械键。有别于一般的有机物，这类分子属于一种新型拓扑结构分子。在纳米技术、有机合成等领域，这种分子都有极大用武之地，它是制造分子机器的基础，例如其制造出的分子马达能够模仿生物体的一些功能。
有机太阳能电池是成分全部或部分为有机物的太阳能电池，他们使用了导电聚合物或小分子用于光的吸收和电荷转移。有机物的大量制备、相对价格低廉，柔软等性质使其在光伏应用方面很有前途。通过改变聚合物等分子的长度和官能团可以改变有机分子的能隙，有机物的摩尔消光系数很高，使得少量的有机物就可以吸收大量的光。相对于无机太阳能电池，有机太阳能电池的主要缺点是较低的能量转换效率，稳定性差和强度低。
立体化学，有机化学的主要内容。研究有机物在三维空间内的结构与变化的化学分支。由于碳以及所有其他元素的化学键往往不是在二维平面上伸展的，于是就产生了相应的同分异构体现象，由此产生了立体化学这门学科。
高氯酸是一种无机化合物，化学式为HClO4，是一种强酸，有强烈的腐蚀性、刺激性，通常以无色水溶液的形式存在。高氯酸的酸酐为七氧化二氯。高氯酸的酸性强于硫酸、硝酸。热的高氯酸是一种极强的氧化剂，与有机物、还原剂、易燃物接触或混合时有引起燃烧爆炸的危险，但室温下70%以下浓度的高氯酸相对稳定一些。高氯酸常被用来制备一些高氯酸盐，例如火箭燃料的重要成分——高氯酸铵。总而言之，高氯酸具有相当强的腐蚀性和危险性，并且极易形成易爆炸的混合物。
分解作用，又称腐烂、腐败，是指动物蛋白质及其有关之有机物分解成无机物，而且回到大自然物质循环的过程，特别是由缺氧微生物和腐化细菌。分解是一个大自然经常进行且非常重要的过程。腐败物通常导致胺物分解时出现如腐肉碱和尸碱等的生物碱，具有腐败气味。在生物学方面，腐烂和发酵在某程度上有少许相似，基本上二者同样意味着允许有机物质转变或分解成另一些物质。
组织胺，是一种有机物含氮的环状化合物。它参与局部免疫反应和炎症反应，并具有作为瘙痒介体中心与调节肠道生理功能的作用。它还被用作神经递质。组织胺由嗜碱性球和附近结缔组织肥大细胞产生。另外，它也增加微血管对白血球和某些蛋白质的通透性，以允许白血球从微血管进入感染组织并吞噬其中的病原体。组织胺广泛存在于动植物组织中，可以人工合成。
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