模式生物是指受到广泛研究，对其生物现象有深入了解的物种。根据从这些物种所得的科学研究结果，可以归纳出一些涵盖许多生物的模型，并应用在各领域的研究。
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草履虫是属于纤毛虫门的真核单细胞生物，通常作为纤毛虫的研究代表。草履虫广泛存在于淡水、半咸水和海洋环境中，在死水和池塘中通常更常见。因为有些草履虫很容易培养、诱导同配生殖和分裂，所以已广泛用于教室和实验室来研究生物过程。它作为模式生物的用处使一位纤毛虫研究人员将其描述为纤毛虫门的“实验大鼠”。
反式作用干扰小RNA是陆生植物的一类小干扰RNA，可进行RNA干扰，抑制其他基因的基因表现。tasiRNA最早于2004年在模式生物阿拉伯芥中发现，植物有TAS1、TAS2、TAS3与TAS4四个基因家族的基因编码tasiRNA，这些基因转录产生的RNA后会被多腺苷酸化，在MiRNA介导之下TAS1、TAS2与TAS4转录的RNA5'端会被Ago1切割，TAS3转录的RNA则是3'端被Ago7切割，接着此RNA由RNA复制酶RDR6转为双股RNA后，再被DCL4切割成长21核碱基且3'端有突出端的小双股RNA，可与RNA诱导沉默复合体结合以进行RNA干扰，将目标MRNA的切割移除。
非洲爪蟾，又名光滑爪蟾、非洲爪蛙，是南非的一种水生青蛙，是一种重要的模式生物。它们可以长达12厘米，头部及身体扁平，没有外耳或舌头。其后脚上有3趾短爪，可能是用来挖泥来躲避掠食者。
多线染色体又称巨大染色体、多丝染色体，是双翅目昆虫等生物细胞采用特殊的细胞周期，进行多次DNA复制却无细胞分裂所产生的大型染色体结构，因由许多丝线状的染色体臂组成而得名，每条染色体臂均包括上千条DNA分子。多线染色体最早于1881年在摇蚊唾腺细胞中发现，后续研究也在多种动物、植物细胞中发现，且形态因物种而异。此染色体结构可用光学显微镜观察，其上条带可用于绘制基因图谱，且其上有蓬突结构可直接观测基因表现，是过去染色体研究中相当重要的模式生物。
黑腹果蝇也称黑尾果蝇，是被人类研究得最彻底的生物之一，为模式生物。从查尔斯·伍德沃斯利用该物种作为模式生物的建议开始，黑腹果蝇继续被广泛用于遗传学，生理学，微生物发病机理和生命历史进化的生物学研究。 截至2017年，已有8个诺贝尔奖颁发给使用果蝇的研究。
卷柏属是石松门卷柏科的唯一一属植物，为小型叶草本植物，属下约有750种。如其他石松门植物，卷柏属以孢子作有性繁殖。江南卷柏是此属重要的模式生物。
斑马鱼，是一种热带淡水鱼，为辐鳍鱼纲鲤形目鲤科的其中一种。原生于喜马拉雅地区，是一种受欢迎的观赏鱼。同时，其在科研领域也是一种重要的有脊椎模式生物，尤其是在生物体再生能力的研究方面，并且有多种基因编辑后的转基因人工培育种。斑马鱼在被重新被划归为鿕属之前，曾被归类为短鿕属，因而在科研文献中被长期称为Brachydanio rerio，而非如今的Danio rerio。
养兔产业是指将家兔当作家畜圈养起来，透过人工选择及培殖，以取得其兔肉为肉类食物及毛、毛皮的农业。此外，亦有部分养殖场的兔子并非作为经济作物而饲养，而是作为宠物售卖，又或作为模式生物售与作科学研究。人工养殖兔子估计在公元5世纪就已普及至全世界。
酿酒酵母，又称面包酵母或者啤酒酵母、出芽酵母、芽殖酵母。酿酒酵母是与人类关系最广泛的一种酵母，不仅因为传统上它用于制作面包和馒头等食品及酿酒，在现代分子生物学和细胞生物学中用作真核生物模式生物，其作用相当于原核的模式生物大肠杆菌。酿酒酵母是发酵中最常用的生物种类。酿酒酵母的细胞为球形或者卵形，直径5–10 微米。其繁殖的方法为出芽生殖。
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