真菌繁殖是一种由交配型控制的复杂过程。 调查显示出真菌繁殖已经集中在几个特定不同表现的物种。 不是每个真菌都有产生性别，即使有产生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不适用在真菌界之中的许多物种。 同配子生殖的物种能让相同的交配型繁殖，而异配子生殖的物种只能让不同的交配型繁殖。
同配生殖的真菌中可能只包括从一个细胞到另一个细胞核的转移。 营养不兼容的物种通常阻止一个真菌和另一个真菌单独繁殖。 相同的不兼容孤立物种无法繁殖或有效繁殖。 经报告出来的变异型包括同化学型繁殖， 孢子体至配子体的繁殖以及粒线体的双亲转换。
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扣子体是许多担子菌门真菌的双核菌丝顶端形成的钩状结构。担子菌真菌繁殖的过程中，两株真菌的菌丝会进行胞质融合，但细胞核维持独立，形成具有来自两亲代细胞核的双核体，经过一段时间后两个细胞核才会进行核融合产生染色体倍性的合子，并进行减数分裂以产生担孢子。扣子体的功能即为确保胞质融合后，菌丝双核体状态的维持，让双核体菌丝生长过程中，有丝分裂产生的细胞核能妥善分配到两个子细胞，使两个子细胞都各有一个来自亲代双方的细胞核。扣子体只在担子菌门的真菌中出现，子囊菌门真菌则使用产囊丝钩维持双核体异质双核的状态，产囊丝钩也是菌丝末端特化的结构，与扣子体相当类似。
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