粪便微生物移植，亦被称为粪便移植，是一种医学疗法，透过转移健康捐赠者的粪便细菌到病人身上来达到治病的目的。粪便转移有助恢复肠道菌落的平衡。本疗法可透过灌肠、胃喉或口服胶囊施行。有相当数量的研究证实粪便移植有助治疗受艰难梭菌感染的病人。此类病人的严重程度可以由腹泻到伪膜性结肠炎不等。随着艰难梭菌感染肆虐北美洲和欧洲，医学界日益关注粪便移植疗法。有些专家更呼吁把本疗法当作治疗艰难梭菌感染的一线疗法。2013年一项随机对照实验临床研究发现，粪便移植对治疗复发性艰难梭菌感染的病人功效极佳，而且比单纯采用万古霉素治疗更具疗效。目前的研究着眼于利用粪便移植治疗其他消化道疾病，例如结肠炎、便秘、肠易激综合症，以及神经系统疾病如多发性硬化症和帕金森氏症。美国食品及药物管理局自2013年起把人类粪便当作“实验性药物”监管。
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