艾美亚目，又名艾美耳亚目、艾美球虫亚目或球胞子虫亚目，是顶复门真球虫目之下的一个亚目。
真球虫目，是顶复门类锥体纲球虫亚纲之下的一个目，是一种单细胞的微小成胞的寄生物种。本目的原生物种可寄生在人体、家畜、家禽及野生动物的体内。当中包括有可引起弓虫病的弓形虫及可引起等孢球虫病的贝氏等孢球虫。
梨形虫目是一个囊泡虫类的目，属于顶复门无类锥体纲的一个分支。它已二分裂法繁殖
粘孢子总门是一个非正式的分类，位于囊泡藻界。它是顶复门与双鞭毛虫门的合称。二者具有很近的亲缘关系，同样feed through myzocytosis。
贝诺孢子虫属，又名必斯内虫属，是一种原生生物，属于顶复门真球虫目的一个属，寄生于动物，会造成许多畜牲生病。
顶质体是大部分顶复门生物共有衍征的非光合作用的细胞器，存在于多种顶复门生物中，包括引发疟疾的寄生——恶性疟原虫等，但在隐孢子虫属等类群中消失。此细胞器起源于藻类，通过内共生学说进入顶复门生物细胞。因此顶质体具有四层膜结构，其中最外层膜属于顶复门生物的内膜系统。
隐孢子虫属是顶复门的一个属，本属部分物种可感染包括人类在内的许多脊椎动物，造成隐孢子虫病，症状包括腹泻与咳嗽等。
隐胞子虫病是由顶复门的隐孢子虫造成的脊椎动物肠道疾病，是导致人腹泻的主要原因之一。这是一类通过粪口途径传播的疾病，主要发生在胎盘动物当中。病原体通常寄生在小肠肠上皮细胞的带虫空泡内。免疫缺陷患者经常患有此类并发症，同时，由于免疫功能的不完善，寄生虫还可能会进入病人的肝、肺、胰和胆囊等器官，造成更为严重的病理反应。隐胞子虫病是一种水源性疾病，病原体在水中以卵囊形式存在并得以传播，对自然水中环境有较好的耐受性，因此饮用不洁净的水成为该病的主要患病原因。
顶复门物种的生命周期包括以下各个阶段：
隐孢子虫属是顶复门的一个属，本属部分物种可感染包括人类在内的许多脊椎动物，造成隐孢子虫病，症状包括腹泻与咳嗽等。
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