免疫组学是使用全基因组方法研究免疫系统调节和对病原体的反应的学科。随着基因组学和蛋白质组学的技术的兴起，科学家已经能够可视化生物网络并推断基因和/或蛋白质之间的相互关系; 最近，这些技术已被用于帮助更好地了解免疫系统的功能和如何被调控。基因组的三分之二在一种或多种免疫细胞类型中是有活性的，但同时在给定类型的细胞中少于1％的基因被唯一地表达。 因此，如果能将免疫细胞类型的表达模式在相互关联的背景下解密分析，而不是作为个体进行单独研究，以使他它们的作用被正确地表征并相互关联。。免疫系统的缺陷，如自体免疫性疾病，免疫缺陷病毒和恶性肿瘤，可从病理过程的基础知识中获益。例如，分析基因表达的系统变异可以将这些模式与针对免疫功能重要的特定疾病和基因网络相关联。
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