大台南公车蓝干线为全市六大干线其中之一，由兴南客运营运。起点由安平工业区出发后，行经小西门、台南车站、台南转运站、安南区、安定区、西港区，终点行驶至兴南客运佳里站。蓝干线的主题公车为“北海小英雄”，本线系由原本往西港佳里方向之数条公路客运路线改制而成，于2013年4月1日正式通车。
大台南公车橘干线为大台南公车六大干线公车之一，由兴南客运营运。起站由兴南客运佳里站出发后，行经麻豆转运站、善化车站、大内，并行驶台84线快速公路，为全台南市第一条行驶快速公路的干支线公车路线，终点行驶至兴南客运玉井站。。橘干线主题公车为“水果王国”，另外曾因应玉井芒果产季与芒果节活动举办而推出期间限定的“芒果公车”。
大台南公车橘9线为大台南公车第116条路线，亦为全市第13条橘支线，并由汉程客运营运，此路线亦为汉程客运于台南市营运的首条路线。本路线以兴南客运佳里站为起点，高铁嘉义站为讫点，于2019年12月5日正式通车。
大台南公车橘9-1线为原本橘9线所拆分出来的路线，由汉程客运营运。本路线以兴南客运佳里站为起点，高铁嘉义站为讫点。
大台南公车棕干线为全市六大干线公车之一，由兴南客运和新营客运联营。自新营车站出发之后，行经民治市政中心、盐水、学甲、奇美佳里分院，终点至兴南客运佳里站。由于棕干线的起讫站合称佳新干线，成为该线的噱头。棕干线的主题公车为“动物王国”。本线系由原本新营客运的7409路及兴南客运的7601路等2条公路客运路线改制而成，2013年5月1日正式通车。
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