蛋白质超家族 编辑
蛋白质超家族是对可以找到共同祖先的最大一组蛋白质的合称。一般而言，共同祖先是基于结构比对和物理性质得出的，即使序列相似性不高，也可能会具有共同祖先。蛋白质超家族中往往还会有内部联系相对更近的蛋白质家族。
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细胞色素P450是包含血基质作为辅因子的一个庞大的酶蛋白质超家族，具单加氧酶功能。在哺乳动物中，这些蛋白质氧化类固醇、脂肪酸和异生物质，对多种化合物的清除，以及激素的合成和分解都很重要。在植物中，这些蛋白质对于次级代谢产物、脂肪酸和激素的生物合成很重要。
YTHDF2是一个位于人类第1号染色体上的基因，编码一种属于YTH蛋白质超家族下的蛋白YTHDF1。YTHDF1基因编码的YTHDF1蛋白能够识别并结合N6-甲基腺苷转录后修饰的MRNA，并增加与之结合的mRNA易位效率。YTHDF2蛋白除含有YTH结构域外，还含有一个可能与信号转导相关的高脯氨酸区。
Ras超家族是一个小GTP酶蛋白质超家族，名称来自其中的Ras亚家族。
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丝氨酸蛋白酶抑制剂是具有相似结构蛋白质的蛋白质超家族，它是由于蛋白酶抑制活性被识别的，和在生命的各个界被发现的第一个蛋白质超家族。英文缩写丝氨酸蛋白酶抑制剂最初被创造，是因为第一个丝氨酸蛋白酶抑制剂对胰凝乳蛋白酶样丝氨酸蛋白酶将要被识别的行为。它们值得注意的是其动作的不同寻常的机制，它们酶抑制剂通过经历大的构象改变，扰乱其活性位点抑制它们的靶蛋白酶。与此相反，通过对于结合并阻止访问蛋白酶活性位点的蛋白酶抑制剂是更常见的竞争抑制剂机制。
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