细菌小RNA泛指细菌中长50至500核碱基的非编码RNA，通常具有许多茎环等结构，在大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、黄单胞菌、根瘤菌与蓝绿菌等常见细菌中均有发现。最早发现的细菌小RNA为1984年在大肠杆菌中发现的MicF RNA，可抑制外膜蛋白ompF之mRNA的转译，并使其mRNA被降解，不久后又在金黄色葡萄球菌发现了另一种小RNARNAIII，可影响其毒素的合成与释放。目前已有超过6000种细菌小RNA经RNA测序等技术被发现。
强化子RNA是真核生物基因组中强化子序列转录产生的非编码RNA，长50核碱基至4000nt之间，此类RNA于2010年由RNA测序与ChIP-seq等大规模测序技术测得。强化子为基因组中与RNA聚合酶Ⅱ、中介体和转录因子结合以启动基因转录的重要序列，其转录生成的强化子RNA大多留在细胞核中，此类RNA大多不稳定，易被细胞核中的外切体降解，但可能可调控其他基因的转录。并非所有强化子皆可转录，有研究显示仅有少数强化子可转录产生出eRNA，可能为较为活跃的强化子。有些强化子RNA具复杂的次级结构，并带有M6A等碱基修饰。
小RNA泛指长度小于200个核苷酸的RNA分子，多为非编码RNA。真核生物中此类RNA经常可与Ago等蛋白结合以进行RNA干扰，抑制其他基因MRNA的表现。小RNA的种类包括微小RNA、小干扰RNA、PiRNA、小核RNA、小核仁RNA、小卡哈氏体RNA、tsRNA和srRNA等。现有miRNA定序等次世代定序技术专门用来侦测细胞中的小RNA。许多小RNA与数种癌症等疾病有关。
端粒酶RNA组分或称端粒酶RNA，是一种真核生物的非编码RNA。它是端粒酶的组成成分之一——端粒酶用它来延长端粒。端粒酶RNA在DNA复制过程中，为端粒的逆转录过程提供模板。酵母、纤毛虫、脊椎动物的端粒酶RNA的序列和结构都有很大不同。不过，它们的5'端靠近模板序列处，都有一个假结结构。脊椎动物端粒酶RNA的3'端有一个与SnoRNA类似的结构域。
转录组，也称为“转录物组”，广义上指在相同环境下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上则指细胞所能转录出的所有信使RNA。
向导RNA，也称为单链向导RNA。是作用于动质体体内一种称为RNA编辑的后转录修饰过程中。也是一种小型非编码RNA。可与pre-mRNA配对，并在其中插入一些尿嘧啶，产生具有作用的MRNA。
结构基因是指基因编码的产物为调节因子以外的蛋白质的基因，可以用于编码结构蛋白、酶或不涉及调控的非编码RNA。
端粒酶RNA组分或称端粒酶RNA，是一种真核生物的非编码RNA。它是端粒酶的组成成分之一——端粒酶用它来延长端粒。端粒酶RNA在DNA复制过程中，为端粒的逆转录过程提供模板。酵母、纤毛虫、脊椎动物的端粒酶RNA的序列和结构都有很大不同。不过，它们的5'端靠近模板序列处，都有一个假结结构。脊椎动物端粒酶RNA的3'端有一个与SnoRNA类似的结构域。
穹窿体RNA是一种存在于穹窿体核糖核蛋白复合物中的非编码RNA，该类RNA于1986年被首次发现。作为一种核糖核蛋白复合物，穹窿体除了含有8-16条短链RNA外，还包含96个穹窿体主蛋白，两个穹窿体少数蛋白。穹窿体被认为与抗药性有关。研究人员已利用冷冻显镜术揭示出vRNA位于穹窿体“帽”底部的内侧。vRNA在穹窿体中的位置可能暗示着穹窿体内外物质都可与其发生相互作用。另有研究发现vRNA需要TEP1以辅助维持自身结构稳定。
转录是在RNA聚合酶的催化下，遗传信息由DNA复制到RNA的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是合成MRNA以及非编码RNA的途径。
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