武定门站是南京地铁3号线车站，位于江苏省南京市秦淮区江宁路与长乐路交叉路口南侧，在江宁路路中沿南北向布置。该站为地下两层岛式站台结构，近期开放2个出入口。2015年4月1日投入使用。该站是南京地铁首座无柱车站，吊顶采用白鹭和祥云图案，文化墙题为《眠芍》，是3号线9座“红楼”主题车站之一。该站紧邻武定门和白鹭洲公园。
上元门站是南京地铁3号线车站，位于江苏省南京市鼓楼区中央北路与燕江路、永济大道交叉路口，为地下三层侧式站台结构，设3个出入口。上元门站的开工建设受到前期拆迁拖延的影响，在3号线2015年4月开通运营时未能完工，直到2015年10月18日正式建成开放。
夫子庙站是南京地铁3号线和规划中的南京地铁5号线的换乘车站。3号线车站位于平江府路与建康路丁字路口北侧，沿规划道路布置，南北走向，西南方为南京夫子庙景区。该站2015年4月1日投入使用,设3个出入口。未来夫子庙站5号线车站将沿建康路成东西方向布置，为地下两层车站。
秣陵街道站是南京地铁3号线建设中的一座车站。本站位于江苏省南京市江宁区秣陵街道宁溧公路和正方大道路口。
东大九龙湖校区站是南京地铁南京地铁3号线车站，位于江苏省南京市江宁区吉印大道与双龙大道路口北侧地下，沿双龙大道南北向布置，南距终点站秣周东路站约2.9公里，北距诚信大道站约1.3公里。车站西南为东南大学九龙湖校区，西侧为南京同仁医院和南京师范大学附属中学江宁分校。车站长201.4米，宽19.6米，主体面积8120平方米、附属面积3103平方米、总建筑面积11223平方米，为地下二层岛式车站，设4个出入口和2个风道。2011年4月动工，2012年4月1日主体结构封顶。该站于2015年4月1日南京地铁3号线通车试运营时投入使用。
南京地铁南京南站是南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1号线和南京地铁S3号线的换乘车站。该站站台分为南北两组，两组站台之间有换乘通道相连。1号线和3号线站台位于南侧，在国铁南京南站地下，呈南北走向，为同台换乘的双岛式站台。S1号线和S3号线站台位于北侧，在国铁南京南站北广场地下，东西走向，为一岛两侧式站台。1号线站台在1号线南延线开通初期并未启用，直到2011年6月28日京沪高铁开通前两天才正式启用，S1号线、3号线、S3号线站台分别于2014年7月1日、2015年4月1日、2017年12月6日线路开通时同步启用。
大行宫站是南京地铁南京地铁2号线与南京地铁3号线的换乘车站，位于中山东路、太平北路路口，设2号线和3号线两座站台，两座站台十字交叉，2号线在上，3号线在下，采用“T”型换乘。2号线车站沿中山东路横跨路口东西向布设，为地下二层岛式站台车站。3号线车站位于太平北路与中山东路交叉路口北侧，沿太平北路路中南北向布设，北距浮桥站约0.8公里，南距常府街站约0.9公里。该站为地下三层岛式站台车站，地下一层为站厅层、地下二层为设备层、地下三层为站台层。车站主体结构外长159.14米、标准段宽24.3米，采用半盖挖顺做法施工。
星火路站是南京地铁3号线车站，位于江苏省南京市浦口区南京高新技术产业开发区西南侧，星火路与中心路交叉路口，沿中心路东西向布置。该站为地下两层岛式站台结构，设4个出入口。2015年4月1日开放使用。
林场站是南京地铁3号线的起点站，位于江苏省南京市浦口区老山林场附近，浦泗路与龙盘路交叉路口，沿浦泗路南侧布置。林场站是南京地铁3号线唯一的高架车站，为岛式站台结构，站后设置折返线，车站南北两侧各设1个出入口。
常府街站是南京地铁南京地铁3号线车站，位于江苏省南京市秦淮区太平南路与常府街交叉路口南侧，沿太平南路按南北向布置。该站为地下两层单跨框架结构，外包总长170.9米，标准段宽19.6米，底板埋深15.3米，全明挖施工。地下一层为站厅层，地下二层为站台层，岛式站台宽10.5米。近期开放2个出入口。2015年4月1日投入使用。该站站内的装修特色以金边立柱、镂空吊顶为主，是3号线9座“红楼”主题车站之一，文化墙题为《品茗》。
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