次级代谢产物是不直接涉及到生命正常生长、发育生物学或繁殖的有机化合物。不像初级代谢产物，缺少次级代谢产物不会导致立即死亡，但是在长期看来，有可能损伤生物的存活率、性择或繁殖力，也可能一点也没有明显的改变。特定的次级代谢产物常常只出现在特定的一个类群中作为这些物种的共有衍征。次级代谢产物在植物防被食防卫方面起着重要的作用。人类利用次级代谢产物作为药物、调味品或消遣类药物。细菌利用抗生素来和周围的细菌合作和沟通，常常次级代谢都发生在细菌成长期之后的固定期，而人类使用提炼出来的抗生素做药物。
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羟甲基戊二酸单酰辅酶A也称为“β-羟基-β-甲戊二酸单酰辅酶A”或“3-羟基-3-甲戊二酸单酰辅酶A”，是一种重要的脂类代谢中间产物。合成β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A需要三分子的乙酰辅酶A，其中两分子的乙酰辅酶A先在硫解酶的作用下缩合成为乙酰乙酰辅酶A，后者在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A合酶的作用下与另一分子的乙酰辅酶A合成出β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A。该物质可以走向两种途径：在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A裂解酶的作用下裂解为乙酰乙酸，继而生成丙酮和β-D-羟丁酸，这三者被称为酮体；在Β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A还原酶的作用下还原为甲羟戊酸，继而参与动植物中萜类、固醇类化合物的合成。故植物中不少次生代谢产物或激素是由这种化合物衍生而来的，如赤霉素、脱落酸等，动物体内则以此合成胆固醇及各种类固醇激素等。
羟甲基戊二酸单酰辅酶A也称为“β-羟基-β-甲戊二酸单酰辅酶A”或“3-羟基-3-甲戊二酸单酰辅酶A”，是一种重要的脂类代谢中间产物。合成β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A需要三分子的乙酰辅酶A，其中两分子的乙酰辅酶A先在硫解酶的作用下缩合成为乙酰乙酰辅酶A，后者在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A合酶的作用下与另一分子的乙酰辅酶A合成出β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A。该物质可以走向两种途径：在β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A裂解酶的作用下裂解为乙酰乙酸，继而生成丙酮和β-D-羟丁酸，这三者被称为酮体；在Β-羟-β-甲戊二酸单酰辅酶A还原酶的作用下还原为甲羟戊酸，继而参与动植物中萜类、固醇类化合物的合成。故植物中不少次生代谢产物或激素是由这种化合物衍生而来的，如赤霉素、脱落酸等，动物体内则以此合成胆固醇及各种类固醇激素等。
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