神佛习合是将日本本土的信仰和佛教折衷，再习合形成一个信仰系统。一般指的是在日本神道和佛教发生的现象，在广泛的意义上说，佛教在世界各地蔓延时，也指佛教与本土的信仰之间发生的现象。下面介绍了在日本的神佛习合。亦称做神佛混淆与本地垂迹。
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牛头天王是日本神佛习合的神。京都东山区祇园、播磨国广峰山镇座之神，和苏民将来传说的武塔神视为同一神。印度释迦牟尼的诞生地祇园精舍的守护神，称作祇园神的祇园信仰之神。在阴阳道和天道神视为同一神。神佛习合中和药师如来、素戋呜尊习合。从现在称作八坂神社的感神院祇园社劝请，在全国的祇园社、天王社祭祀。
神宫寺是日本神佛习合思想下，附属在神社的佛教寺院或佛堂。也称作别当寺、神护寺、宫寺。
《琉球神道记》是讲述琉球国第二尚氏王朝时期琉球神道的一部著作，共五卷，用日本语作成，为日本僧人袋中良定所著。成书于1605年，1648年在日本刊行。该书受到本地垂迹、神佛习合思想的很大影响，记述了16世纪末期琉球当地的风俗和宗教信仰。在己酉倭乱中，萨摩藩入侵琉球，使琉球的文化受到极大的破坏。己酉倭乱之前所作书籍幸存极少，琉球神道记便是其中一部，其史料价值更显得弥足珍贵。
神佛分离为日本明治时代前期所发生的一系列针对日本佛教的宗教事件，其目的在于将佛教与日本既有的神道信仰分离，打破传统日本社会“神佛习合”的格局，以提升神道至等同国教的地位。此现象至大日本帝国宪法施行后，才由宗教自由与“国家神道”政策取代。
多贺大社是位在日本滋贺县犬上郡多贺町的神社。为式内社、旧社格为官币大社。在神佛习合的中世期称作“多贺大明神”，受到崇敬。
金毘罗权现是琴平山的和修验道融合的神佛习合之神，本地佛是十一面观音。神佛习合中是香川县琴平町象头山镇座的金毘罗大权现，神佛分离・废佛毁释以前以赞岐国象头山松尾寺金光院为总本宫，祭祀在日本全国的金毘罗宫、金毘罗权现社。
山王权现是日枝山的和神道、天台宗融合的神佛习合之神。天台宗的镇守神。也称日吉权现、日吉山王权现。
春日权现为日本神佛习合的神祇，以不空羂索观音、药师佛、地藏菩萨、十一面观音为本地佛，又称春日大明神。明治元年神佛分离、废佛毁释之前，该神祇一直由春日社奉祀。
春日权现为日本神佛习合的神祇，以不空羂索观音、药师佛、地藏菩萨、十一面观音为本地佛，又称春日大明神。明治元年神佛分离、废佛毁释之前，该神祇一直由春日社奉祀。
此神社在八世纪由日证上人建立，以八幡神和应神天皇、神功皇后、玉依姬为主祀神，在神佛习合时代是四国八十八个所第68所。在明治时代神佛分离后再次成为神社。每年10月第3周也有大祭。
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