S-腺苷甲硫氨酸带有一个活化了的甲基，是一种参与甲基转移反应的辅酶，存在于所有的真核细胞中。在失去该活化甲基后，SAM变为S-腺苷-L-高半胱氨酸。
酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸，曾被称为三磷酸吡啶核苷酸，是一种极为重要的核苷酸类辅酶，它是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸中与腺嘌呤相连的核糖环系2'-位的磷酸化衍生物，参与多种合成代谢反应，如脂类、脂肪酸和核苷酸的合成。这些反应中需要NADP的还原形式NADPH作为还原剂、氢负供体。
酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸，曾被称为三磷酸吡啶核苷酸，是一种极为重要的核苷酸类辅酶，它是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸中与腺嘌呤相连的核糖环系2'-位的磷酸化衍生物，参与多种合成代谢反应，如脂类、脂肪酸和核苷酸的合成。这些反应中需要NADP的还原形式NADPH作为还原剂、氢负供体。
辅酶Q10，又称泛醌、辅酶Q，是一种存在于所有进行有氧呼吸的真核生物中的辅酶。Q代表醌基，10则代表其尾部接上的异戊二烯的数量。其结构与维生素K、维生素E与质体醌相似。
硫胺素焦磷酸是一种硫胺素衍生物。它由硫胺素在肝细胞内受硫胺素焦磷酸激酶的催化被磷酸化而生成。分子内含有嘧啶环和噻唑环，不过噻唑环是其催化性质的关键。它是体内催化α-酮酸氧化脱羧的辅酶，也是磷酸戊糖途径中转酮酶的辅酶。其噻唑环2-位被去质子化后生成的叶立德是重要的中间物，它可作为亲核试剂进攻羰基的碳原子，噻唑环对碳负离子有稳定作用。
丙酮酸脱氢酶复合体是生物体内催化丙酮酸转变成乙醘辅酶A之反应的三种酶及五种辅酶的组合。
辅酶Q10，又称泛醌、辅酶Q，是一种存在于所有进行有氧呼吸的真核生物中的辅酶。Q代表醌基，10则代表其尾部接上的异戊二烯的数量。其结构与维生素K、维生素E与质体醌相似。
烟酰胺腺嘌呤二核苷酸，是一种转递质子的辅酶，它出现在细胞很多代谢反应中。NAD由两个核苷酸组成，所以叫二核苷酸，一个含有腺嘌呤，另一种含有烟酰胺，这两个核苷酸通过焦磷酸盐连接在一起。NAD 以两种形式存在：氧化形式的NAD和还原形式的NADH。NADH最多携带两个质子，其标准电极电势为-0.32V。
脱氢酶是一种以转移一个或多个氢化物到一个受体的形式氧化一个底物的酶，这些受体常为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸/烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸或是一种黄素辅酶，例如黄素腺嘌呤二核苷酸或黄素单核苷酸。
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