中华民国国防部为中华民国中华民国军事及国防事务之中华民国中央行政机关，负责统辖中华民国国军各部队。除了国防部本部之外，下辖国防部参谋本部、国防部陆军司令部、国防部海军司令部、国防部空军司令部、国防部宪兵指挥部、国防部参谋本部资通电军指挥部、国防部全民防卫动员署、国防部政治作战局、国防部主计局、国防部军备局、国防部军医局等军事机关／机构，以及所属业务与学术单位。并于部外设立行政法人国家中山科学研究院及财团法人国防安全研究院。国防部是行政院下的所有部门里唯一一个有设置副部长、及未设政务次长的部门。依照《中华民国宪法》及《国防法》的规定，中华民国总统统率全国陆海空军，为总司令，行使统帅权指挥军队，直接责成中华民国国防部部长，由部长命令国防部参谋本部指挥执行之。
交通部民用航空局是中华民国民用航空事务的中华民国中央行政机关，隶属于中华民国交通部，总部位于台北松山机场旁。
国家运输安全调查委员会，简称运安会，系中华民国政府专责调查航空、海运、铁路、公路、运输建筑安全事件之中华民国中央行政机关，行政位阶相当于中华民国中央行政机关的独立机关。国家运安会负责交通运输安全意外事故调查，事故奖惩处分申诫则另由中华民国交通部、以及中华民国海洋委员会负责，若本人请愿、陈情、诉愿案件与当事人相符属实给予奖励金，当事人随同被告、被害、受害、加害与假释人列席说明可选择提告与否。
原住民族委员会为中华民国有关台湾原住民族事务的中华民国中央行政机关，成立于1996年12月，2014年升格为部会级机关。
卫生福利部是中华民国有关公共卫生、医疗卫生与社会福利事务的中华民国中央行政机关，同时监督各中华民国行政区划地方政府卫生局与社会局。其前身为1971年成立的“行政院卫生署”，2013年升格改制为部并改为现名。
行政院院长是中华民国行政院的首长，也是中华民国中央政府各中华民国中央行政机关的政府首脑，由中华民国总统直接任命，其职位相似于其它共和制国家的内阁总理和君主制国家的总理。当总统和中华民国副总统同时因故不能视事时，由行政院院长代行总统职权。现任院长为民主进步党籍的苏贞昌。
文化部文化资产局是中华民国有关文化资产事务的中华民国中央行政机关，隶属中华民国文化部，成立于2007年。
行政院院长是中华民国行政院的首长，也是中华民国中央政府各中华民国中央行政机关的政府首脑，由中华民国总统直接任命，其职位相似于其它共和制国家的内阁总理和君主制国家的总理。当总统和中华民国副总统同时因故不能视事时，由行政院院长代行总统职权。现任院长为民主进步党籍的苏贞昌。
科技部是中华民国有关科学技术发展的中华民国中央行政机关，隶属于行政院。负责推动国家科技发展、支援学术研究、发展工业科学园区、管理行政院国家科学技术发展基金；以及技术审查各部会科技计划可行度，提供必要改善建议。前身为1959年成立的国家长期发展科学委员会，2014年3月3日升格为部，最快2022年7月再改组为“国家科学及技术委员会”。
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