中华民国国防部为中华民国中华民国军事及国防事务之中华民国中央行政机关，负责统辖中华民国国军各部队。除了国防部本部之外，下辖国防部参谋本部、国防部陆军司令部、国防部海军司令部、国防部空军司令部、国防部宪兵指挥部、国防部参谋本部资通电军指挥部、国防部全民防卫动员署、国防部政治作战局、国防部主计局、国防部军备局、国防部军医局等军事机关／机构，以及所属业务与学术单位。并于部外设立行政法人国家中山科学研究院及财团法人国防安全研究院。国防部是行政院下的所有部门里唯一一个有设置副部长、及未设政务次长的部门。依照《中华民国宪法》及《国防法》的规定，中华民国总统统率全国陆海空军，为总司令，行使统帅权指挥军队，直接责成中华民国国防部部长，由部长命令国防部参谋本部指挥执行之。
县是中华民国的中华民国行政区划，下分乡、镇、县辖市。县隶属于省，原由省管辖，省后改由行政院在实质上直辖。行政首长为县长，由县民直接选举产生，四年选举一次，以领导县政府之运作；立法机关为县议会，其议员亦由县民直接选举产生，任期与县长同，惟可连选连任。截至2021年6月，中华民国第一大县为彰化县，亦是人口唯一超过百万的县。
现任中华民国一、二级行政区行政首长列表列出现任中华民国台湾地区中华民国行政区划的行政首长以及2个省政府的主席。名义上，直辖市和省为该国的地方一级行政区，县和市为地方二级行政区。但中华民国于1998年实行台湾省政府功能业务与组织调整，并于2018年将两个省政府的办公地点废除，只依《中华民国宪法增修条文》保留两个“省政府”和“省政府主席”的名义，两位主席已悬空。现行《地方制度法》规定省政府为行政院派出机关而非地方自治团体，直辖市、县和市则属地方自治团体。
行政院中部联合服务中心是中华民国行政院设于台湾中部黎明新村的行政院联合服务中心，2003年5月14日成立，服务范围涵盖苗栗县、台中市、彰化县及南投县，总面积9,216平方公里，总人口510万人；原服务之云林县自2012年改由行政院云嘉南区联合服务中心负责。
行政院新闻局为已裁撤之中华民国行政院附属机关，具有中华民国中央行政机关级地位，成立于1947年5月2日，后随着中华民国政府迁台而有多次的缩编与恢复。其主要负责行政院的公共关系、政策宣传、形象推广、政府发言等工作，因而有“政府化妆师”之别称；除此之外，并负有协助大众传播产业发展的任务。为配合行政院功能业务与组织调整，新闻局于2012年5月20日裁撤，改为在行政院本部内设置行政院新闻传播处。
行政院新闻传播处为中华民国行政院院本部的内部单位，负责行政院的新闻发布、政策宣传、形象推广等公共关系工作，发行中英文版《中华民国年鉴》，并推出新闻资讯主题网《政院e点通》。
科技部是中华民国有关科学技术发展的中华民国中央行政机关，隶属于行政院。负责推动国家科技发展、支援学术研究、发展工业科学园区、管理行政院国家科学技术发展基金；以及技术审查各部会科技计划可行度，提供必要改善建议。前身为1959年成立的国家长期发展科学委员会，2014年3月3日升格为部，最快2022年7月再改组为“国家科学及技术委员会”。
福建省，简称“闽”，为中华民国已省虚级化的省，目前实际管辖有金门县与连江县，缘此其常被称为“金马地区”。中华民国行政院亦设有行政院金马联合服务中心管辖当地政务。
政务委员是中华民国行政院的政务官职位之一，功能相当于其它国家之“不管部部长”或“无任所大臣”。该职于《中华民国宪法》旧称“不管部会之政务委员”，主要负责跨部会协调、横向联系，以及特定议题、任务的推动，官阶与各部会首长同级，同时为行政院会议的当然成员，惟一般没有所属的部会。依现行《行政院组织法》第五条规范，政务委员定额7人至9人。
福建省政府是中华民国福建省的最高行政机关，由行政院直接管辖，于1927年7月3日由福建省政治委员会改设而成。原设于福州市，后因国共内战迁至台湾；1996年1月15日迁至福建省辖内的金门县金城镇，但维持原精简化之编制，并在1998年省施行后成为行政院的派出机关，完全丧失实施地方自治的能力。之后于2019年1月1日起解散，机关预算归零，所有员额与业务移拨予2017年1月18日成立的行政院金马联合服务中心接手执行。由于省政府是宪政机关，未经修宪不得废除，故名义上“福建省政府”名衔仍存在。
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