原生菌类,如黏菌 和水霉菌 ,他们的外表特征与真菌界相似,且皆为异营,储藏肝糖,细胞壁含纤维素与几丁质 ,因此有些分类学家仍将黏菌与水霉归在真菌界。但他们与真菌界的成员的关系并不密切,如他们有游走细胞 ,具鞭毛; 或行变形虫运动,而与菌类不同 ; 黏菌有吞噬作用,吞入固体食物,而菌类则分泌酵素,将食物分解而行吸收。此外,有些水霉会储藏一种碳水化合物一mycolaminarin,此物质很像褐藻中的储藏物质,但与菌类、植物、动物者不同。黏菌和水霉传统上被视为菌类,但经由以上特征,他们较适合归在原生生物界。
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