组蛋白密码是一个描述真核生物藉转译后修饰包裹DNA的组蛋白以调控基因表现的理论,和DNA甲基化共同组成表观遗传密码 。组蛋白上的修饰包括组蛋白乙酰化、组蛋白甲基化、磷酸化、泛素、二磷酸腺苷核糖基化、GlcNAc糖基化、瓜氨酸化、脯胺酸异构化与SUMO修饰等,这些修饰的组合可影响染色体结构以及与其他蛋白的结合力,提升或降低基因的转录。人类细胞中组蛋白修饰的种类复杂,其中某几种修饰可能倾向出现在同一个组蛋白上。近年由于质谱法技术的发展而有更多修饰种类与位点被发现,也有许多研究探讨加上或移除组蛋白修饰的组蛋白修饰酶,以及可辨认这些修饰而与之结合的其他蛋白。